種類：寝台特別急行列車
現況：廃止
運行開始：1970年7月1日
運行終了：
2014年3月14日（定期運行）
2015年1月4日（臨時運行）
起点：上野駅
終点：青森駅

上野駅 - 大宮駅 - 高崎駅 - （新津駅） - （新発田駅） - 村上駅 - あつみ温泉駅 - 鶴岡駅 - 余目駅 - 酒田駅 - 遊佐駅 - 象潟駅 - 仁賀保駅 - 羽後本荘駅 - 秋田駅 - 八郎潟駅 - 森岳駅 - 東能代駅 - 二ツ井駅 - 鷹ノ巣駅 - 大館駅 - 碇ケ関駅 - 大鰐温泉駅 - 弘前駅 - 新青森駅 - 青森駅

（ ）は上り列車のみ客扱いの停車をする。

あけぼのは、かつて東日本旅客鉄道（JR東日本）が上野駅 - 青森駅間を東北本線・高崎線・上越線・信越本線・羽越本線・奥羽本線を経由して運行していた寝台特急列車です。2010年12月の東北新幹線八戸 - 新青森間開業時に「あけぼの」の存廃問題が取り沙汰されたが、同年7月7日付の東奥日報の報道においてJR東日本秋田支社は当面存続させる方針を明らかにしていた。しかし、2013年11月2日、乗客の減少や車両の老朽化を理由に2014年3月15日のダイヤ改正で廃止される予定であることが河北新報で報道された[2]。JR東日本が12月20日、2014年3月15日のダイヤ改正で、「あけぼの」の定期運行終了（臨時列車化）を公式発表。2015年（平成27年）1月4日以降は臨時運用も設定されなくなり事実上廃止となりました。

種類：寝台特別急行列車（臨時列車）
現況：廃止
運行開始：
1989年7月21日（団体専用列車）
1989年12月2日（臨時列車）
運行終了：
2015年3月12日（臨時列車）
2016年3月21日（団体専用列車）
起点：大阪駅
終点：札幌駅

大阪駅 - 新大阪駅 - 京都駅 - 敦賀駅 - 福井駅 - 金沢駅 - 高岡駅 - 富山駅 - 直江津駅 - 長岡駅 - 新津駅 - （この区間、客扱いなし） - 洞爺駅 - 東室蘭駅 - 登別駅 - 苫小牧駅 - 南千歳駅 - 札幌駅

大阪～札幌間約1500kmを約22時間かけて走る寝台特急で、札幌行きの列車は、雄大な日本海に沈む夕日を眺めることができるのが魅力です。最上級の「スイート」は2部屋りますが、特に最後尾の客室は展望室からワイドな視界を楽しめるため、年間を通して予約をとることが難しいプラチナチケットとして知られています。また、客室の種類も豊富で、昔ながらの開放式寝台・Bコンパートは手軽な料金で乗車できる。フランス料理のフルコースを味わえる食堂車は、西洋の列車を彷彿とさせるクラシックな雰囲気が漂っています。

種類：夜行列車
地域：東京都、埼玉県、群馬県、栃木県、福島県
運行開始：2006年3月18日
現運営者：東武鉄道、野岩鉄道
起点：浅草駅
終点：東武日光駅

浅草駅 → 北千住駅 → 新越谷駅 → 春日部駅 → 東武日光駅
新宿駅 → 池袋駅 → 大宮駅 → 東武日光駅

紅葉狩りの需要に対応して、2016年10月15日に18年ぶりに運行再開されました。車内で仮眠を取った後、東武日光駅で中禅寺温泉（日光自然博物館）・竜頭の滝・戦場ヶ原・日光湯元温泉行きの専用バスに接続します。2017年は100系（スペーシア）を使用して秋に運行され、2018年は栃木ディスティネーションキャンペーンの一環で夏にも運行されました。2018年秋季には、従来の浅草駅発に加えて、初のJR新宿駅発の列車も運行されました。

種類：特別急行列車
現況：運行中
運行開始：2020年（令和2年）9月11日
起点：京都駅（山陰方面・紀南方面）大阪駅（山陽方面）
終点：出雲市駅（山陰方面）下関駅（山陽方面）新宮駅（紀南方面）

東海道本線（JR京都線・JR神戸線含む）・山陽本線（JR神戸線含む）・伯備線・山陰本線・大阪環状線・阪和線・紀勢本線

WEST EXPRESS 銀河は、西日本旅客鉄道（JR西日本）が運行している特別急行列車で、キーワードとして「多様性」「カジュアル」「くつろぎ」が挙げられています。それぞれの具体策として「多様性」は多様な旅のスタイルへの対応のために普通座席の他にグリーン個室、ノビノビ座席、コンパートメントシート、女性席など複数の種類の座席の設置、西日本エリア内の様々な方面への旅行需要を喚起するために複数の区間を運行。「カジュアル」は寝台料金を設定せず、またグリーン車だけではなく、普通車を設定するといった気軽に鉄道の旅を楽しめる価格設定。「くつろぎ」は快適性が高く、落ち着いた車内空間の提供、車窓から沿線の風景を楽しめる座席配置、乗客が自由に使うことのできるフリースペースの設置がある。そしてこれらを通して、鉄道の旅の楽しさを伝えていき、リピーターの乗客を増やしたいとしています。

種類：団体専用列車
現況：運行中
運行開始：2017年5月1日
起点：上野駅
終点：上野駅

東日本旅客鉄道（JR東日本）
北海道旅客鉄道（JR北海道）
IGRいわて銀河鉄道
青い森鉄道
道南いさりび鉄道
しなの鉄道
えちごトキめき鉄道

TRAIN SUITE 四季島は、東日本旅客鉄道（JR東日本）が運行する周遊型寝台列車（クルーズトレイン）で、旅のコンセプトは「深遊探訪（しんゆうたんぼう）」です。2017年度グッドデザイン・ベスト100を受賞しています。列車名は、日本の古い国名「しきしま（敷島）」をもとに、美しい四季と伝統を感じながらの旅を連想させること、そして「時間と空間の移り変わりを楽しむ列車」という思いを込め、命名したそうです。シンボルマークは、「ひと」「もの」「こと」の象徴である3本の線が、四季を意味する「4つの節目」を巡り戻ってくるデザインとし、美しい四季と伝統を感じるクルーズの旅を表現したと言われています。