大災害「セカンドインパクト」が起きた世界（2015年）を舞台に、巨大な汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった14歳の少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いた物語です。

使徒とは、NERV(ネルフ)のある第3新東京市にだけ現われる人類の敵で、主人公の碇シンジらは、この使徒に対抗すべく作られたEVAに乗り込み、襲来する使徒と戦っていくことになります。使徒は見た目や能力に個体差がありますが、「パターン青」と呼ばれる波長を持っていること、「コア」を破壊されることで活動停止するといった共通点もあります。

衛星軌道上より飛来した、非常に巨大な使徒で、光を歪めるほどに強力なATフィールドを纏っており、遠目からでは目のような模様が浮かぶ黒い球体のような姿にしか見えません。本体中心にもう一体人型の使徒が存在し、受け止め役の初号機を苦しめました。

EVA弐号機（B型装備）と第1使徒アダムを輸送中の艦隊を襲った使徒で、その姿は深海魚やシャチに似ています。猛スピードで海中を泳ぎ、敵に突進、フリゲイト艦を破壊する程の威力を持ち、大きな口を開け、鋭い牙で敵に噛み付きます。

巨大なザトウムシの容姿が特徴で、目のような模様をもちます。都合好く事故による停電中に現れた為、停電していなければ恐らく瞬殺されていたであろう使徒とも言われています。

筒状の身体に、鞭状の腕部を持つ使徒で、イカに近い形をしており、海から出現しました。ピンク色に光る触手は、相手を絡めて動けなくしたり、遠くへ投げ飛ばすのに使用します。高速で振ってビルを微塵切りにしたり、エヴァ初号機の体を貫く程の威力を持ちます。

リリスは、人類の産みの親（始祖）であり、アダム系とは別系統の生命の起源になります。当初、ネルフ本部最深部にて磔（はりつけ）にされているのは「アダム」とされていたが、実際は、この「リリス」でした。全ての使徒を産み落とした原点と。今でも根強い人気を誇ります。

セカンドインパクト以来、15年ぶりに出現した使徒で、四肢を持つ人型ではあるが、手足の形状は細く長い点が特徴です。首にあたる部分はなく、頭部は仮面のような無機質な形状をしています。戦闘機による攻撃も全く寄せ付けず、ことごとく破壊していくシーンが圧巻です。

微生物状の使徒であり、その実態は他の使徒とは異なり群体で、多くのナノマシンの集合体です。自らの弱点となるものに遭遇しても、環境に適応するために異常な速度で自己進化、全体としての生存を図る特性を持ちます。コンピュータウィルスのため、物理的な攻撃力を一切持っていません。

衛星軌道上からA.T.フィールドごと質量爆弾として落下し、NERV本部を破壊しようとした巨大な使徒です。サハクィエルが強いという理由は単純にその大きさからで、作中では三体のエヴァンゲリオンで攻撃を防ぎましたけど、もし一体でも欠けていたら成す術もなく敗れていたでしょう。