伝説の大陸「三璃紗」では、暴虐の太師董卓（とうたく）ザクが時の皇帝を暗殺し、皇帝の証である聖印『玉璽』をうばい、新たな三璃紗の支配者として君臨していた。今、三璃紗は闇に包まれていた。そこへ立ちあがった、神話を今に受け継ぐ、輝く3人のガンダム。1人は『龍帝を継ぐ者』劉備（りゅうび）ガンダム、1人は『紅蓮の覇将軍』曹操（そうそう）ガンダム、1人は『静かなる猛虎』孫権（そんけん）ガンダム。これは、永きにわたる乱世に煌めき、そして儚くも散っていった、熱き侠（おとこ）たちの戦いのドラマである！

セイとレイジが第7回ガンプラバトル世界選手権で優勝してから7年後。セイやタツヤたちが卒業した聖鳳学園の模型部は、ガンプラバトルの伝統を受け継ぐ「ガンプラバトル部」と、純粋な模型製作に特化した「プラモデル部」の二つに分裂していた。しかし、ガンプラバトル部は中等部3年生の女部長・ホシノ・フミナの一人部員状態が続いており、近年のガンプラバトルの主流である3人1組のチームバトルへの出場も叶わず、プラモ部との再統合による消滅の危機に瀕していた。

人とロボットが共存する未来都市ネオトピアを舞台に、別の次元からやってきた「ダークアクシズ」と戦う「ガンダムフォース」の活躍とシュウト少年との交流を描く。やがて、「ダークアクシズ」の脅威にさらされる別の次元『異次元世界（ソラ・ディオラーマ）』にある二つの国、騎士ガンダム（ナイトガンダム）の国「ラクロア」と武者頑駄無（むしゃガンダム）の国「天宮（あーく）」へと戦いの舞台は移っていく。

Ａ.Ｇ.１１５年－１４歳となったフリットは、スペースコロニー『ノーラ』の連邦軍基地アリンストンに引き取られていた。７年間、基地のエンジニア達とともに研究を続けてきた彼は、ついに『ガンダム』を完成させる。ガンダムには、機体を自己進化させる画期的な仕組み『AGEシステム』が搭載されていた。しかし、ついに、恐れていた時がやって来る…。ＵＥの魔の手が、平和なコロニー『ノーラ』にまで迫ってきたのだ。そして今、フリットは自らがつくりあげた『ガンダム』を動かして戦う。果たして、フリットは１４年もの間、一度も勝利できなかった恐るべき敵『ＵＥ』に打ち勝つことができるのか…？

ホワイトベースの戦いは続いていた。青い巨星ランバ・ラルのグフ、黒い三連星のドムがホワイトベースを襲う!
連邦軍のオデッサ作戦が進行する中で、アムロはかけがえのない人たちを次々と失っていく。ランバ・ラルとハモン、マチルダとリュウが生命を
かけて戦い、散華するさまに、アムロが見たものは何か。死と生の交錯する戦場で、アムロのニュータイプへの覚醒が始まった!

宇宙に進出した人の革新を説き、地球連邦政府からの完全独立を宣言しようとしたジオン・ズム・ダイクンは、議会檀上で演説中に突如倒れ、帰らぬ人となった。
　ダイクンの死後、ザビ家陰謀説を唱えるダイクンの側近ジンバ・ラル。
　しかし、サイド3、ムンゾの実権を掌握せんとするデギン・ソド・ザビ率いるザビ家の暗躍は加速していく。
　これまで語られる事の無かった動乱の歴史が明らかになる中、ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアには、激動の時代を象徴した数奇な運命が待ち受けていた…。

宇宙世紀0088年、グリプス戦役で地球連邦軍が創設したエリート部隊「ティターンズ」は事実上壊滅した。しかし、エゥーゴも大半のパイロットが戦死し、有力な指揮官のクワトロ・バジーナ大尉は行方不明となったうえ、エースパイロットのカミーユ・ビダンも精神崩壊に陥り、深刻な戦力不足に悩まされていた。そんな中、三つ巴の決戦から一時手を引き、高みの見物をしていたハマーン・カーン率いるジオン公国残党組織アクシズはネオ・ジオンと名を変え、地球圏の制覇に乗り出す。

グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの戦艦アーガマは、修理と補給のためサイド1のシャングリラに寄港した。そこでジャンク屋稼業をしている主人公ジュドー・アーシタとその仲間たちは、前大戦で活躍した英雄機Ζガンダムを奪って一儲けしようと企んだことがきっかけで、エゥーゴと関わりを持つことになり、一員としてネオ・ジオンと戦うことになる。

かつての戦いから1年。全ての武力を放棄して平和への道を進む世界に対し、トレーズ・クシュリナーダの実子を名乗る少女マリーメイアを頂く、コロニー組織の黒幕であったバートン一族が地球圏支配を狙って「真の」オペレーション・メテオを再び画策。彼らは、放棄されたはずのMSリーオー他旧式戦力に新型MSサーペントを加えての武力侵攻と、平和の象徴でもあるリリーナ・ドーリアンを拉致し、地球圏へ宣戦布告を行った。

技術文明の頂点を極めながらも、宇宙戦争の歴史となり人類が滅亡しかけた宇宙世紀が終焉し1000年以上の時が過ぎた。生き残った人々は「リギルド・センチュリー（R.C.）」という新たな世紀を迎え、技術進歩に自ら制限をかけることで再び繁栄を始めていた。

前世紀の遺物・軌道エレベータのキャピタル・タワーは、宇宙から供給される唯一のエネルギー源フォトン・バッテリーを地球に搬入する唯一の経路として神聖視され、慎重に復元・維持されていた。かつて南米と呼ばれたエルライド大陸にある地球側基地とその周辺キャピタル・テリトリィは、世界的な「聖地」となっていた。また世界的宗教「スコード教」は宇宙からの恵みへの感謝と技術の発展・進歩を禁じているからこそ現在の平和と繁栄があると説き、人々に浸透していた。

宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。

ヨーロッパの都市 ウーイッグ近くに存在するカサレリア近辺にてパラグライダーを操っていた主人公の少年 ウッソ・エヴィンはベスパのMS（モビルスーツ） シャッコーとリガ・ミリティアに所属する小型戦闘機との戦闘に巻き込まれ、シャッコーに引っかかり取り付いた挙句、パイロットを引き摺り落としてMSを奪ってしまう。これを発端に、その後ウッソはリガ・ミリティアと共に、数奇な運命をたどることになる。

宇宙世紀0123年、シャアの反乱から約30年が経った時代。大きな戦乱も無く平和な世界の中、人類はその大半が地球から月までの軌道に設置されたスペースコロニーに移住し、地球連邦政府という国家の枠組みを超えた全地球規模の組織に統治されていた。しかし、地球連邦政府の疲弊・腐敗から、秘密裏にコスモ貴族主義を掲げる軍事組織クロスボーン・バンガードが設立され、スペースコロニー「フロンティアIV」を急襲する。その最中、民間人の少年 シーブック・アノーは襲撃から避難するために、友人達とともにコロニーを脱出するが、同行していた内の一人 セシリーが連れ去られてしまう。