北海道のある街で暮らすシュウジとちせ。ちせは以前から好意を抱いていたシュウジに告白、そのぎこちない交際は交換日記から始まり、二人は静かに愛を深めていく。

しかし、ある日、謎の「敵」に街が空襲される。戦火から逃げるシュウジが見たのは、腕を巨大な武器に変え、背から鋼鉄の羽根を生やし「最終兵器」と化して敵と戦うちせの姿であった。

戦争が激化していくにつれ、ちせは力が暴走していき、肉体も精神も人間とはほど遠いものとなっていく。

一方、シュウジの周りでは親友や女友人、先輩たちが次々に戦禍で故人となっていく。

壊れていく世界。壊れていく愛。シュウジはちせを連れて街を出る。

世間では、ある都市伝説めいた噂が流れていた。「午前零時にだけアクセス出来るウェブサイト『地獄通信』に晴らせぬ怨みを書き込むと、地獄少女が現れて憎い相手を地獄に流してくれる」。しかし、その噂は真実だった。

怨みを持った者が「地獄通信」に書き込んだ直後、依頼者の前にセーラー服を着た長い黒髪に赤い瞳をした地獄少女・閻魔あいが現れる。あいは依頼主に契約の証である藁人形を渡し、「人形の首にかかる赤い糸を解けば、契約は成立し、憎い相手は地獄へ流される」という。ただし、「その代償として自分自身も、死後は地獄で永遠に苦しむことになる」と告げるのであった。

海底火山の噴火によってできた新島「秋の島新島」を取材していた毎朝新聞記者・岩倉は、島の上に立つ全裸の少年を発見する。
言葉も話せず、身元も不明なため、医者に引き取られることになった少年だったが、瞬く間に言葉や、様々な事柄を習得していくなど非人間的な能力をのぞかせ始める。
実は、彼ははるか太古（古代エジプト文明の時代）に地球に訪れた異星人が地球人の潜在的な進歩の可能性とその残虐な本性の将来を恐れ、宇宙にとって地球人が危険な存在となった場合に地球ごと破壊し人類を抹殺するキーとしてセットされた少年「マーズ」だった。

錬金術が科学として発達した世界にある軍事国家「アメストリス」。
そこで、幼い頃から共に卓越した錬金術の才能を持っていたエドワード・エルリック（エド）と弟のアルフォンス・エルリック（アル）は、病気で亡くした母を錬金術で最大の禁忌とされる「人体錬成」によって蘇らせようと試みるが失敗し、エドはその代償として自らの左脚を、アルは自らの全身を失ってしまう。
エドはとっさの判断で自らの右腕を代償にアルの魂をその場にあった全身鎧に定着させ、なんとか弟を死の淵から救い出す。
しかし、エルリック兄弟が失ったものはあまりにも大きかった。

三世紀のヒの国（クマソ）から物語は始まる。病床の妻・ヒナクに火の鳥の生き血を飲ませるべく、ウラジは火の鳥に飛びかかった。しかし、ウラジは火の鳥の炎によって焼け死んでしまう。ヒナクの弟・ナギが悲しみに暮れている頃、薬師のグズリが浜に流れ着く。ヒナクはグズリによって命を救われ、二人は夫婦の契りを交わす。その婚礼の夜、猿田彦率いるヤマタイ国軍がナギたちの村を急襲した。軍の手引きをしたのはグズリであった。（黎明編）

平凡な中学二年生の鹿目まどかは、ある日とても不思議な夢を見る。 夢を気にかけながらも、友人達と仲良く登校すると、なんと夢で見た少女とそっくりな人物・ほむらが転校してくる。 戸惑うまどかに意味深な言葉をかけるほむら。放課後、まどか達は買い物をしている最中、魔女の結界に迷いこみ、 絶対絶命のピンチなところを偶然、マミに助けられる。彼女はキュウべぇと契約した魔法少女。 そのキュウべぇは、まどかとさやかも魔法少女にならないかと誘うのだった。やがて知る魔法少女という存在の真実。 それを知った、まどかが取る選択は―