事件名　悲恋湖伝説殺人事件
怪人名　ジェイソン
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第4話～第6話
単行本　第6巻と第7巻

遠野英治は、3人目の犠牲者で死亡したとされていたが、発見された死体は実は橘川であり、彼こそがこの事件の犯人「ジェイソン」です。事件の動機は、数年前に起こったオリエンタル号沈没事故の時、船に乗っていた最愛の女性である小泉螢子を見殺しにした人物に対する復讐でした。

事件名　速水玲香誘拐殺人事件
怪人名　道化人形
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第47話～第50話
単行本　26巻～27巻

7年前に鏑木プロダクションの、アイドル歌手として活動していたが、舞い込む仕事は屈辱的なものばかりな上、鏑木の甥だった安岡保之にしつこく言い寄られてしまいます。気も上がってきた頃のある日、暴漢にレイプされ、スキャンダルとなり、芸能界を追われ絶望のどん底に陥りますが、レイプ事件は保之が彼女を手に入れるために暴漢と共謀して起こした自作自演であり、物語の半年前にその事実を知った彼女は復讐を決意します。犯行後、金田一たちを惑わすトリックを仕掛けます。

事件名　ゲームの館殺人事件
怪人名　ゲームマスター
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ「R」第23話～第25話

麦林美佳は、この事件の犯人「ゲームマスター」で、会社が倒産寸前の時に気の焦りから詐欺行為を働いたことでトラブルになり、挙句の果てにその相手を刺殺してしまいます。自殺を決意して富士の樹海を訪れいざ死のうとした時、本物の麦林美佳の白骨化した死体を見つけ、この人物になり替わることでもう一度人生をやり直すことを決めます。

事件名　天草財宝伝説殺人事件
怪人名　白髪鬼
犯行　殺人
テレビアニメ　第95話～第99話

和田守男は、この一連の事件の犯人「白髪鬼」で、動機はやはり蔵元醍醐の遺産でその遺産を独り占めする為、醍醐の実子であった中田、赤峰、赤門、葉月の四人を殺害しました。しかし、ある一報が入り、葉月を殺したことで大激怒したいつきに叩き割った瓶の破片で殺されかけ、金田一、石井警部、八木沢らが必死で止めています。金田一たちに「こんな奴殺す価値もない」と切り捨てられたかなりのド悪党です。

事件名　金田一少年の殺人
怪人名　見えざる敵
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第24話～第27話
単行本　12～14巻

都築哲雄は、この事件の真犯人「見えざる敵」で、優れたディレクターとしていつきからも信頼されていた彼が凶行を犯した理由…それは重度の腎障害を患った幼い娘、瑞穂のためでした。腎障害を治療するため都築は自らの腎臓の1つを提供するが、こともあろうに病院側のミスで失敗、瑞穂は通院治療を受けながら1万人に1人しかいないドナーを待つことに。そんな彼の前に前田と名乗る医者が現れ、瑞穂に合う腎臓を得るための交換条件として都築にある悪魔のような犯罪を犯すように提案。都築は犯行後、足跡を残さないトリックを仕掛けます。

事件名　金田一少年の決死行
怪人名　巌窟王
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　「R」第26話～第29話

周龍道は、この事件の犯人「巌窟王」で、彼の正体は松岡達によって12年間防空壕跡に閉じ込められていた日本人青年・狩谷純です。防空壕跡に残っていた金塊で巨万の富を得、復讐の舞台としてキングドラゴンホテルを購入。自らは中国人の子供として行動し、無警戒のターゲットを次々に殺害しました。鏡を使ったトリックで、美雪たちの目を錯覚させるために、別室にいる一があたかも明智を刺したかのように見せかけました。

事件名　魔神遺跡殺人事件
怪人名　凶鳥ノ命
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第56話～第59話
単行本　第25巻、26巻

村西弥生は、この事件の犯人「凶鳥ノ命」の正体で、癌に冒され余命半年の命で、度々血を吐いていました。今から20年前に宗像家に家政婦としてやってきて、その2年後宗像志郎と関係を持ち、彼の子供を身籠ります。それが原因で宗像今日子とトラブルになり、揉み合いの末、彼女を意図せず殺してしまいます。一もあまりにも頭の切れの良さに感心していましたが、彼女自身は「凶鳥の命の言いつけ」だとはぐらかしています。

事件名　黒死蝶殺人事件
怪人名　不死蝶
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第43話～第46話
単行本　第22巻、第23巻

小野寺将之は、この事件の真犯人「不死蝶」の正体で、緑やるりと同じく左目が緑色（オッドアイ）で、カラーコンタクトを使ってそれを隠していました。父と自分を裏切り捨てた緑に復讐するため「何年かけてでも、このおぞましい蝶屋敷を抹殺する」ことを決意。斑目家に入り込み紫紋と三姉妹を殺害する計画を立てます。コノハチョウに麻酔を掛けて死体の上に被せたり、黒死蝶除けの薬品を使ったりと、蝶屋敷ならではのトリックを使いました。

事件名　タロット山荘殺人事件
怪人名　陰の脅迫者
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第40話～第42話
単行本　第14巻、15巻

小城拓也は、この事件の黒幕にして雄一郎殺害の真犯人「陰の脅迫者」の正体です。アリバイトリックの際速水オーナーに「金田一を殺すんですよ」と唆しているのだが、実際に自分が1度彼を殺しかけていることから、金田一を殺すという発言は、ブラフではなく本気であったことが伺え、ガチの殺意を向けられたのは今回が初めてです。