小野寺将之は、この事件の真犯人「不死蝶」の正体で、緑やるりと同じく左目が緑色（オッドアイ）で、カラーコンタクトを使ってそれを隠していました。父と自分を裏切り捨てた緑に復讐するため「何年かけてでも、このおぞましい蝶屋敷を抹殺する」ことを決意。斑目家に入り込み紫紋と三姉妹を殺害する計画を立てます。コノハチョウに麻酔を掛けて死体の上に被せたり、黒死蝶除けの薬品を使ったりと、蝶屋敷ならではのトリックを使いました。

事件名　タロット山荘殺人事件
怪人名　陰の脅迫者
犯行　殺人
登場回
テレビアニメ　第40話～第42話
単行本　第14巻、15巻

小城拓也は、この事件の黒幕にして雄一郎殺害の真犯人「陰の脅迫者」の正体です。アリバイトリックの際速水オーナーに「金田一を殺すんですよ」と唆しているのだが、実際に自分が1度彼を殺しかけていることから、金田一を殺すという発言は、ブラフではなく本気であったことが伺え、ガチの殺意を向けられたのは今回が初めてです。

事件名　魔犬の森の殺人
怪人名　ケルベロス
犯行　3人の殺害
登場回
テレビアニメ　第105話～第108話

千家貴司は、「魔犬の森の殺人」において三名を殺害し、更にもう一名を殺害しようとした事件の真犯人「ケルベロス」の正体です。動機は、「被害者等の製作した薬の実験台となり、余命を待たずに亡くなった恋人・水沢利緒の復讐」で、殺害された被害者等は研修医でありながら、利緒の死に後悔を抱くどころか「たかが半年しか生きられない患者だった」と彼女と『命』というものに対し侮辱、冒涜する発言をし、これが千家に復讐を決意させる切っ掛けとなってしまったようです。

事件名　学園七不思議殺人事件
怪人名　放課後の魔術師
犯行　3人殺害
登場回
テレビアニメ　第1話～第3話
コミックス　第4巻、第5巻

学校の怪談の名物・七不思議を元にした殺人事件で、初期の金田一によく見られたグロ描写は比較的少ないにも関わらず、読者からのトラウマ度は異常に高い事件でした。的場勇一郎は不動高校の物理教師です。怪人名は「放課後の魔術師」で三人を殺害しています。動機は昔務めていた製薬会社での治験の失敗で死なせた6人の被験者を不動高校に隠蔽した秘密を知られたことでした。

事件名　雪夜叉伝説殺人事件
怪人名　雪夜叉
犯行　殺人
登場回　
テレビアニメ　第37話～第39話
単行本　3～4巻

綾辻真理奈が殺害したのは四人で、動機は幼い頃に飛行機事故で重傷を負った母親を見殺しにした事故を取材しに来たテレビクルーたちへの復讐でした。怪人『雪夜叉』の正体で、画面に映し出された雪夜叉は、氷室の残した絵の通りに白い着物と夜叉の仮面を被り、斧で次々と撮影班を叩き殺していきます。

事件名　
怪盗紳士の殺人/怪盗紳士からの挑戦状/錬金術殺人事件/他
犯行　窃盗・強盗
登場回　複数

紳士と名乗っているが、正体はセクシーな女性で、予告状を出した上で関係者に変装して現場に潜り込み、狙いの品物を華麗な手口で持ち去ります。特殊メイクで実在人物そっくりに化け本人に成り済ますため、高確率で警察の身元調査もすり抜ける。しかも、ナイスバディを隠して男を演じきったことまであります。後処理や状態復元に手間の掛かることをしますが、絶対に人は殺さないのがポリシー。

事件名　オペラ座館殺人事件
怪人名　ファントム(歌月)
犯行　3人を殺害
登場回　
テレビアニメ　第21話～第23話
単行本　1～2巻

有森修二は不動高校の二年生で美術部と演劇部に所属しています。「オペラ座館殺人事件」の犯人で怪人名は「歌月」です。三人を殺害し、最後に自殺しています。犯行動機は舞台のヒロインの座を射止めた彼女が硫酸で顔を焼かれた末に自殺したことへの復讐で、捕まる前に自ら自殺してしまうあたりがやりきった感があります。

事件名　異人館村殺人事件
怪人名　七人目のミイラ
犯行　8人に対する殺人
登場回
テレビドラマ　第1シーズン第1話
単行本　第2巻と第3巻

本物の小田切進を殺して成り替わり、異人館村での連続猟奇殺人を引き起こした「七人目のミイラ」の正体です。身体能力は『金田一少年の事件簿』内でもトップレベルであり、警官2名をいともたやすく撃破できるほどの格闘技に加え、射撃やナイフ術も会得している。ちなみに最初の犠牲者は母・詩織その人であり、彼女が「教えることは何もない」と称し自ら凶刃に体を晒しました。