あらすじは、海を漂流し流れ着いたときに剣術の師匠である比古清十郎に助けられた緋村剣心は、山中で居を構え陶器作りに励む師匠に対し、飛天御剣流の奥義を教えてほしいと懇願するところから始まります。

あらすじは、幕末から明治になり、かつて「人斬り抜刀斎」として恐れられた剣客・緋村剣心を中心に進んでいきます。「不殺」の誓いのもと流浪人となっていた剣心。流浪の旅の途中神谷道場の師範代・薫を助けたことから、薫のところで居候することになります。