真壁一騎や皆城総士らが住む平和な竜宮島。そこに突然「あなたはそこにいますか…」という叫びがこだまする。それは未知の生命体『フェストゥム』による侵略だった。
一騎は総士から、人類を滅亡から救うために、ファフナーに乗って戦って欲しいと懇願される。やがて一騎達は、人類が数十年も前にフェストゥムの襲撃により壊滅的被害を受け、既に日本列島も存在しない事を知る。
自分達が信じていた平和が、実は幻想であった事を知った少年達は、フェストゥムや竜宮島が独占的に有する兵器 ファフナー・ノートゥングモデルを欲する人類軍との戦いに否応なく巻き込まれていく…。

トラパーと呼ばれる粒子が大気中に含まれるある惑星。そこに空中を滑空するスポーツ「リフ」に夢中な14歳の少年、レントン。軍人になるか、家業のジャンク屋を継ぐか・・・ある意味見通しのいい人生にうんざりしているレントンは、生まれ育ったその環境から逃げ出すきっかけを待っていた。
そんなある日、自宅の近くで爆発音が起きた。駆けつけると、そこには、見たこともない美しいロボットが立っていた。呆然とするレントンの目の前に現れたのはロボット以上に美しい少女・エウレカだった。成り行きから、戦いに巻き込まれるが、そこにエウレカの仲間としてレントンもよく知るアンダーグラウンド界でのカリスマリフライダー、ホランドが現れる。
戦いの後、彼らとともに旅立つことを決意したレントンを待ち受けるものは果たして…！！

未来的にデザインされた街・舞浜市に住み、近郊の高校に通う普通の学生、キョウ。たった1人で水泳部を切り盛りする彼は、中学以来の因縁を持ち難癖をつけてくる宿敵達とのいざこざも意に介せず、練習と水泳部への勧誘の為、学校の室内プールへと向かう毎日。
ある日、幼なじみのリョーコに頼まれ、映画研究部作品の撮影中、やる気の無いキョウはNGを出し撮影は中断。ふと、窓の外を見るとそこで彼は飛び込み台の最上段に立つ、1人の見知らぬ美少女・シズノを見つける。

遠い未来。人類が荒廃した地上で生き抜くために作り上げた巨大移動要塞都市では、名前のないコドモたちが戦うことだけを教え込まれながら、毎日を過ごしていた。コドモたちの1人であるヒロは、角が生えた謎の少女ゼロツーとの出会いを機に彼女のパートナーとなり、命を懸けた戦いに身を投じることとなる。

西暦2015年。15年前に起こった大災害・セカンドインパクトで総人口の半数近くを失った人類は、使徒と呼ばれる新たな脅威にさらされていた。国連直属の非公開組織である特務機関NERV（ネルフ）は、汎用人型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン (EVA) を極秘に開発し、予測されていた使徒の襲来に備えていた。そのパイロットに選ばれたのは、わずか14歳の少年少女たちだった。

遥かな未来。人々は地中に穴を掘って家を造り、地震と落盤に怯えながら息を潜めるように暮らしてきた。少年・シモンは、偶然、不思議に光る小さなドリルを見つける。シモンの兄貴分である青年・カミナは、村の上には「地上」があることを信じ、外へ出ようと目論んでいた。そんなある日、地震と共に村の天井が崩れ巨大なロボットが落ちてくる。そんなとき、ロボットを地上から追って来た巨大なライフルを持った少女・ヨーコが現れる。シモンは地中から掘り出したモノをカミナとヨーコに見せる。それは、顔だけの謎のロボットだった…。

皇暦2010年8月10日、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。しかし、その圧倒的な支配にも亀裂が生まれようとしていた。

地球に最も遠いコロニー群サイド3はジオン公国を名乗り、地球連邦からの独立を求め、人型機動兵器「MS（モビルスーツ）」を駆使して独立戦争を挑んできた。開戦から僅か1ヶ月あまりで双方の陣営は総人口の半分を死に至らしめた。そんな中、サイド7に住む少年アムロ・レイは、地球連邦軍が進めていた「V作戦」に対する調査のためサイド7に侵入したジオン軍MS ザクの攻撃に巻き込まれ偶然が重なり、連邦軍の新型MS ガンダムのパイロットになってしまう。