不慮の事故で命を落とした高校生の佐藤和真は、天界で女神アクアに異世界への転移を持ちかけられる。アクアは「異世界には望むものを1つだけ持っていける」と異世界転移の特典を持ち出しながら勧誘するが、アクアの態度があまりにも和真を味噌っかすに馬鹿にしていたために和真は激怒し、アクアを「異世界に持っていくモノ」として指定する。

西暦2022年、1000人のユーザーによるベータテストを経て、世界初のVRMMORPG「ソードアート・オンライン」（SAO）の正式サービスが開始され、約10000人のユーザーは完全なる仮想空間を謳歌していた。しかし、ゲームマスターにしてSAO開発者である天才量子物理学者の茅場晶彦がプレイヤー達の前に現れ、SAOからの自発的ログアウトは不可能であること、SAOの舞台「浮遊城アインクラッド」の最上部第100層のボスを倒してゲームをクリアすることだけがこの世界から脱出する唯一の方法であること、そしてこの世界で死亡した場合は、現実世界のプレイヤー自身が本当に死亡するということを宣言した。プレイヤーの一人である少年キリトはこの絶望的なデスゲームで生き残るべく、戦う決意をしてはじまりの街から旅立ってゆく。 しかし、後にSAO事件と称されることになるこの狂気のデスゲームは、仮想世界をめぐる様々な事件の幕開けにすぎなかった。