20年の歴史を誇り、世界中でプレイされている本格派人気MMORPG〈エルダー・テイル〉。
その12番目の新規パッチが当たった瞬間、プレイヤーキャラクターである〈冒険者〉としてログインしていた日本人ユーザー3万人が突如として異世界に取り込まれ、ゲーム中のキャラクターの身体を得てしまう。
そこは、「脳裏に映るステータス画面」 「魔法やスキルの存在」 「味のしない食料アイテム」 「死からの復活」といった〈エルダー・テイル〉のゲーム要素と、「食事や睡眠、排泄の必要性」 「肌に直接感じる自然の気配」 「血肉を伴うモンスターとの殺し合い」といった現実的な要素が複雑に入り混じった、いびつで不自然極まりない世界だった。

舞台は東京・池袋。都会の非日常に憧れる少年・竜ヶ峰帝人は、幼馴染の紀田正臣に誘われて、来良学園に入学するために上京する。

帝人は上京した初日に、都会で都市伝説と噂される「首なしライダー」を目撃する。帝人は、そこで思いもしない数々の非日常に巻き込まれてゆくと同時に、「首なしライダー」を含む様々な人物が事件に関わっていくことになる。

かつて「超能力」と呼ばれていた先天的に備わる能力が「魔法」という名前で体系化され、強力な魔法技能師は国の力と見なされるようになった。20年続いた第三次世界大戦が終結してから35年が経つ西暦2095年、魔法技能師養成のための国策高等学校の一つ、国立魔法大学付属第一高校に、エリートとして将来を約束された「一科生」の妹と、その補欠である「二科生」の兄が入学した時から、卒業するまでの物語である。

四葉家という秘密主義の家系の次期当主候補として将来を縛られた妹・深雪と、そのガーディアンとしてやはり束縛されている兄・達也が、自分たちの自由を掴み取ろうとする物語が大筋となっている。兄妹の高校在学期間を舞台とし、「優等生」も「劣等生」もひっくるめた、学内・学外を問わない多数のキャラクターの物語が繰り広げられる。

御崎市で平凡な日常を過ごしていた高校生の坂井悠二は、怪物の出現と共に非日常の世界に巻き込まれ、名も無き少女と出逢った。その名も無き少女は、人知れず人を喰らう異世界人“紅世の徒”を探し討滅するフレイムヘイズの1人。彼女は、悠二が自覚がないまま死んでいることを告げ、訳あって“紅世の徒”から狙われるようになった悠二を護る様になる。そんな彼女に悠二は「シャナ」と名付ける。2人は当初は反発しながらも、少しずつ惹かれ合っていく。

父親譲りの目つきの鋭さのため、ヤンキーに見られてしまうことを気にしている高須竜児は、高校2年に進級し、以前から好意を寄せていた櫛枝実乃梨や、親友である北村祐作と同じクラスになることができた。一方で、新しいクラスメイトの間にはびこる「高須はヤンキー」という誤解を、また最初から解かねばならないことが憂鬱であったが、実乃梨の親友で誰彼かまわず噛み付く「手乗りタイガー」こと逢坂大河との出会いにより、意外に早くその誤解は解かれることとなる。

1711年、大西洋上。
故郷を離れ、新天地を目指す錬金術師たちが悪魔から得たもの・・・・・・
それは”不死の酒”だった。
その酒を飲み、不死者となった者たちには、お互いが右手で”喰い合う”ことが できるという奇妙なオマケがついていた。

1930年代のニューヨーク。
その裏社会に生きる様々な人々、マルティージョファミリーの少年フィーロと 幹部のマイザー、ちょっと間の抜けた泥棒カップルのアイザック＆ミリア、マフィアの ガンドール三兄弟、不良少年のダラスと妹のイブ、齢200歳を越える錬金術師のセラードと 助手のエニスは、それぞれの思惑を持って、互いに関わりのない生活を続けていた。
だがセラードが不死の酒を蘇らせた事により、彼らの運命は複雑に交錯していく―。

主人公である人類を超越するバカ「吉井明久」が通う文月学園では「試験召喚システム」を試験的に導入している。
毎年振り分け試験がありその結果によってクラスの質も大きく変わる。
試験を自信満々に受けた主人公だが結果はその中でも最低ランクであるFクラス。
それを改善するには「召喚獣」による戦争「試験召喚戦争」通称「試召戦争」で上位のクラスに勝たなくてはいけない。
しかしその召喚獣の強さは試験の結果により左右される。
足が折れたちゃぶ台で学ぶFクラスは最高ランクであるAクラスのシステムデスクまで登りつめることができるのか―――。

旅の途中、リナがいつものように森で盗賊に絡まれているところを、通りすがったガウリイが成り行きで助ける。ガウリイは見た目がまだ頼りないリナの保護者をかって出、アトラス・シティまでの道筋を同行する。一行は途中、賢者の石を狙うゼルガディス、賢者として名高い赤法師レゾと対峙する。幾多の攻防の末ゼルガディスはレゾを裏切り、レゾは念願の賢者の石を手に入れるが、同時に魔王として覚醒する。リナたちは苦戦を強いられるものの、何とか覚醒したレゾを打ち破る。アトラス・シティ到着後、リナはガウリイの持つ伝説の武器「光の剣」に興味を示し、旅を共にするようになる。

「青春とは嘘であり、悪である」──こう書いた作文をきっかけに、「奉仕部」に入部させられた比企谷八幡。
奉仕部では、息を呑むほどの美少女・雪ノ下雪乃、クラスの上位カーストに属するギャル・由比ヶ浜結衣に出会い、ラブコメに展開──するはずが、八幡の残念な性格がそれを許さない！　
八幡の高校生活、いったいどうなる!?

人口230万人を抱える「学園都市」。そこでは人口の８割を占める学生全員を対象に、超能力の開発実験が行われていた。そんな学生たちの頂点に立ち、最強といわれる七人の｢超能力者(レベル５)｣の第３位、｢超電磁砲｣の異名を持つ御坂美琴。彼女は持ち前の性格と電撃能力で、学園都市で起こる様々な事件に乗り込んでいく!!