2010年9月に突如決まった長谷川のニューヨーク赴任に際し、彼が手配していたマンションについて、現地支局側は不動産会社に無理な値下げを要求し、入居交渉が決裂しかけていた。このままだと赴任しても住む家がない…。そんな危機的状況の中、長谷川は自ら不動産会社に掛け合い、値下げ分を先に自分が支払うことで、契約を成立させることにした。この時、そのお金を「敷金」として会社の仮払金で支払ったが、これが「滞在費の不正使用」と判断されました。長谷川は支払う前から再三にわたり、「いったんの立て替えであって、帰国時に全額自分で払う」という旨を会社に伝えてあったが、会社は「業務上横領」という名目で、降格とニューヨーク支局勤務の解職、そしてアナウンス室からの異動という処分を下しました。

2005年、人気男性グループ「ＮＥＷＳ」の未成年のメンバー１人（１８）が、仙台市内でフジテレビの社員や女性アナウンサーと飲酒した後、同市内の公園で騒ぎ、仙台中央署に補導されていたことが明らかになりましたが、この未成年メンバーは内博貴、女子アナは菊間千乃であることが判明すると、フジテレビには抗議が殺到しました。この問題を受けフジテレビは山田良明常務ら役員3人を減俸とし、菊間千乃アナウンサー（33）ら飲酒した社員と上司7人を減給とする処分を決めました。

フジテレビ系列で2011年1月17日から放送された「ほこ×たて」は、矛と盾に関する故事『矛盾』にちなみ、相反する「絶対に○○なもの」同士を戦わせて決着をつけて白黒はっきりさせるというバラエティ番組です。しかし「どんな物でも捕えるスナイパーVS絶対に捕えられないラジコン」というコーナーの出演者が，編集で対決内容が「偽造された」とホームページで明かすと、やらせが発覚。BPOは「重大な放送倫理違反」と意見を公表。さらに以前に放映された「鷹vsラジコン」「猿vsラジコン」の対決でもやらせが発覚し、番組は打ち切りとなりました。

2021年7月30日、東京オリンピックのフェンシング男子エペ団体決勝を報じた際、日本選手団を紹介する中で、加納選手の写真を韓国代表のパク・サンヨン選手と間違えるミスが発生しました。フジテレビはこのミスについても謝罪し、確認不足が原因であると説明しました。さらにメダルセレモニーが始まる前に放送時間終了で打ち切り。ネット上では「表彰式やらないとかまじか」「フェンシングのメダルセレモニー見ようと思って待ってたのに放送なし？」など批判が相次ぎました。

2017年7月27日、フジテレビの朝の情報番組『とくダネ!』で、医師法違反容疑で松山市の男性が逮捕された事件を報じましたが、無関係の男性のインタビュー画像を容疑者のものとして誤って放送しました。この誤報は大きな波紋を呼び、フジテレビは即座に謝罪するも、フジテレビへの批判がやむことはありませんでした。

1998年から放送された「愛する二人別れる二人」は、素人の夫婦が登場して不満をぶつけ罵り合い、結婚を継続するか離婚を決意するかを選択するという内容。ときには夫婦が感情を爆発させてつかみ合いの喧嘩になったり、愛人が登場するなど、中身が過激になるほど視聴率はうなぎ登り状態となっていた。だが一方で、週刊誌では出演者やスタッフであるリサーチャーらによるやらせ告白も噴出。そして、ついには番組にやらせ出演していた女性が自殺していたことが発覚。このことがスポーツ紙で取り沙汰されると、フジテレビは番組打ち切りを決定しました。

2001年10月、フジテレビ本社内で『めちゃ2イケてるッ』収録準備中にセットが突然倒壊する事故が発生。重さ100kgのセットの下敷きになった美術会社社員が頭を強く打って死亡するという痛ましい事故となりました。その影響で同年10月27日に放送予定だった内容を急遽中止して『ターミネーター2』 特別編が放送されました。

フジテレビ系列で放送されていた番組「発掘！あるある大事典」では、2007年1月7日に放送された「納豆ダイエット」の回でデータ捏造が発覚しました。この捏造問題が発覚すると、単独スポンサーだった「花王」が降りることを決め、番組は打ち切りとなりました。この番組は，関西テレビが外部プロダクションに制作を発注していましたが、過去の同番組にも実験データや専門家のコメントに疑惑があることが浮上し、テレビ局のチェック体制の不十分さが指摘されています。

2020年5月24日、プロレスラーの木村花さんが突然この世を去りました。出演中の人気番組「テラスハウス」の中で、他の出演者に対して厳しい言葉を発したことなどに対して、視聴者などからSNS上で誹謗中傷が相次いだことが原因で自殺したと言われています。ネットでは「番組側が意図的に炎上を煽ってる」「花さんを守れたはず」などの批判が相次ぎ、BPOの放送人権委員会は花さんの精神的な健康状態に対する配慮が欠けていたとして「放送倫理上の問題があった」と認定しました。これを受けてフジテレビは番組の打ち切りを発表しました。

元フジテレビアナウンサーで弁護士の菊間千乃さんは、フジテレビ入社4年目の26歳の時、レギュラー出演していた「めざましテレビ」の生放送で、災害時に高所から脱出する避難器具の体験リポートをした際、マンション5階（地上13メートル）の窓から転落し、上半身の骨を13本折るなど全治3カ月の重傷を追いました。医者からは「5階から落ちて命が助かったことがすごいのと、後遺症ゼロは僕が見てきた患者さんの中であなたが初めて」と言われたそうです。

フジテレビの報道番組が、大谷翔平選手の新居に関する情報を報じると、大谷選手のプライバシーを侵害するとして、多くの批判を浴びました。報道内容には、新居の具体的な場所や詳細な情報が含まれており、これが観光客や地元住民による訪問を引き起こしたそうです。大谷翔平選手は、フジテレビの取材方法に対して強い不満を表明。プライベートな空間に対する取材はプライバシーの侵害であり、プロフェッショナリズムに欠けると批判すると、その後のフジテレビの取材を拒否しました。

2023年、中居が女性と2人で食事をした際、そこで深刻なトラブルが発生したと「NEWSポストセブン」が報じ、後日、中居は9000万円もの示談金を女性に支払って問題は解決。そのことを認める中居の代理人弁護士の言葉も掲載されると芸能関係者は一斉に凍り付きました。また、各誌によると、その会食の場を設けたのはフジテレビの編成幹部で、被害女性は女子アナ。つまり女子アナを性接待の道具にしたと報じるも、フジテレビ側は否定。国民的アイドルの不祥事にフジテレビが絡んでいる疑いは根強く残ったままです。