「Mr.サンデー」では、過去にペットビジネス特集でペットサロンなどを運営する会社の社員を利用者として出演させていたことが発覚し、謝罪がなされています。また、付録付きの女性雑誌が部数を伸ばしているという情報を取り上げ、道行く女性にその感想を聞く場面が放送されたのだが、インタビューを受けたのはあらかじめ仕込んだ女性だったことが発覚しています。

未曾有の大惨事を招いた東日本大震災ですが、被災地をあざ笑うようなコメントをしてしまったのがフジテレビアナウンサーの秋元優里アナでした。3月12日夜の菅首相の会見中「ふざけんなよ、また原発の話なんだろ、どうせ」という男性の声と共に「アハハ、笑えてきた～」の声が音声に入ってしまいました。これには日本中からバッシングが沸き起こりました。

1991年10月31日、木梨が盲腸による休養から復帰することになっていた放送で、冒頭から『緊急放送!盲腸で倒れる 木梨憲武さんを偲んで…』と題し、木梨が死亡したという設定で、生放送で追悼特番を模したドッキリを放送。石橋と当時フジテレビアナウンサーだった野崎昌一が、深刻な気配で会話し2分半程経過したところで、青のジャージを着た木梨が現れるというシュールなコントでした。放送中からフジテレビには「本当ですか!?」との質問や、「ふざけるな!」等の抗議の電話が約800件と殺到するなど大問題になりました。

2002年10月25日、「FNN特別報道番組」でキム・ヘリョンの独占インタビュー等を放送するとフジテレビには抗議の電話が殺到し、救う会や家族会からも抗議を受けました。家族連絡会代表の横田滋さんと妻の早紀江さんは「子供に、質問すべきではないような鋭い内容を次々と投げかけて、正視できなかった。あまりにむごすぎて、私は途中で見るのをやめ、大泣きしてしまった」と言い、「報道が（ヘギョンさんに）集中して、他の被害者が忘れられてしまうことを心配する。この問題が誤った方向に行くことを恐れている」と指摘。さらに「なんとか『拉致』と言わせようという感じがした。日朝交渉の行方など、中学生には答えられないような質問を今この時期にインタビューしたことが腹立たしい」と話しています。

フジテレビ系の夕方のニュース番組「FNNスーパーニュース」で2006年5月4日、「台湾ラーメン」を報道する中で、台湾の「国旗」として、誤って中国の「五星紅旗」を映し出して大きな問題となりました。自由と民主主義のある台湾の国旗として、共産党一党独裁の人権弾圧国家である中国の国旗を出したと言うことで周囲を驚かせましたが、フジテレビは抗議の電話を受けながら番組中は訂正しなかったそうです。

2018年12月28日、「どくダネ！」で放送された救命救急密着の中で、神戸市中央区の神戸市立医療センター中央市民病院に救急搬送されて来た26歳の女性について、飲酒して転倒と報じるも、実際に女性はお酒を飲んでおらず、仕事中に具合が悪くなり転倒、意識障害を起こして救急搬送されていたことが分かりました。これについて番組内で伊藤アナが謝罪しますがネットでは「飲酒中と仕事中では、全然違う。まじめに仕事してて体調が悪くなったのに…。失礼な報道するテレビ局は有り得ない」「これは最悪。裏どりをきちんとせず、いかに普段も報道に『都合のいい演出』を入れてるのかがわかる」との声が相次ぎました。

2014年、木村拓哉主演の大ヒットドラマ「ロングバケーション」などを手がけたフジテレビの有名プロデューサーが懲戒解雇処分となりました。出向先の資金を私的に流用し、被害額は１億円に上ると報じられました。解雇されたのは、フジの１００％子会社「ストーリア」の社長だった杉尾敦弘氏。ストーリアはＳ氏のワンマン企業で、社長自ら送金申請、決済を一手に担っていました。２０１１年１月から先月まで会社の口座から自分の口座に不正送金していましたが、いったんツマんだカネを会計上の締め日までに戻すという手口を繰り返した。そのため、約４年間も不正を見抜かれなかったそうです。

2010年3月のFNNニュースの中で、鳩山邦夫議員の発言が一部編集されて放送されたことが物議を呼びました。民主党のやろうとしている政策「外国人地方参政権」とか「夫婦別姓」の部分がカットされ、放映されず、更に、「（民主党は）社会主義的色彩が強い」という趣旨の発言も前後をカット・編集され、まるで自民党のことをいったかのように放送されました。

2011年2月22日、ニュージーランド南部のカンタベリー地方で、マグニチュード6.3の地震が発生し、クライストチャーチ中心部の語学学校が入ったビルの倒壊など、被害家屋は5万棟に上り、日本人28人を含む185人が亡くなりました。2011年2月25日、「とくダネ！」で大村正樹アナが足を切断したサッカー青年に「もうスポーツできませんね」とインタビュー「もうスポーツできないって、どんな気持ち？」など失礼な質問を連発して炎上を招きました。

2021年、エースと言われる三田友梨佳アナやエース候補の井上清華アナなど、計８人の女子アナが口コミを装った宣伝「ステルスマーケティング（ステマ）」に該当するのではないかと指摘されていたフジテレビが２８日、「社員就業規則に抵触する行為が認められた」と発表しました。フジテレビはこれまで一貫して「ステマには該当しない」との見解を示していた。今回もステマにはあたらないとしているが、「『対価性があるのではと疑われるような行為』は、放送人としての自覚が問われる行動」と、厳しい見解も示しています。

2019年8月4日、夕方の報道番組『Live News it!』で、京都アニメーション放火殺人事件の犠牲者の友人のインタビューを放送した際、「あんな天才いない」との発言を項目テロップで「あんなアホいない」と誤って表示しました。この誤表示は視聴者からの強い批判を受け、フジテレビ側は即座に訂正とお詫びすることになりました。

1999年4月からフジテレビ系列で火曜日の深夜に放送されていた「シザーズリーグ」は、石井竜也が「石井ビューティー」名義で司会を務め、都内の代表的な6つのヘアサロンから精鋭の美容師を集め1対1のリーグ戦形式で対決する人気番組でした。しかし出演していた「カリスマ美容師」が無免許であることが発覚。さらに、番組プロデューサーが制作費のキックバックを受けていたことも明らかになり問題視されました。