お笑いタレントの陣内智則が、2010年7月31日に収録されたフジテレビ系バラエティ『オレワン』（8月22日放送予定）で行った競技中に肋骨にヒビが入る怪我を負っていたことが判明。同局によると、全身にローションを塗って滑る「ローション腹すべり」で体をひねった際に痛めたということです。

フジテレビのバラエティー番組「幸せって何だっけ」で占師、細木数子が鶏卵について行った発言が「事実と異なり、鶏卵への不信を誘発した」として、日本養鶏協会や日本卵業協会など養鶏業界１１団体が連名でフジテレビに抗議しました。細木さんは鶏卵の価格の安さを批判し、養鶏場では２４時間明かりをつけ１日に２、３個も卵を産ませている。ほとんどが薬でつくられている、などと発言しました。

10人の子どもがいる大家族の母親が、フジテレビの番組で事実でない演出があったとブログに書いて、ネット上で論議になりました。ホームステイした中国人少女のストーリーが、初めから台本で決まっていたというのだ。フジテレビでは、ロケ取材で起こったことを放送したと説明するが、結果として家族に配慮が十分でなかったと謝罪しています。

フジテレビの取材スタッフが、口蹄疫被害が広がる宮崎県の畜産農家に消毒もせずに入ったと同県議がブログで批判して話題になりました。同県では、たとえ消毒しても農家に取材に入らないようマスコミに要請していました。ところが、フジテレビは、消毒していなかったことは認めたものの、県から取材自粛要請はなかったなどと主張して両者の溝は深まりました。

「トレンディエンジェル」の斎藤司は、群馬県内で行われたフジテレビのバラエティー番組「でんじろうのTHE実験」の収録中、背骨を圧迫骨折するなどのけがを負いました。吉本興業によると、斎藤さんはお尻の下に敷いたエアバッグを爆発させたら人の体がどれだけ宙に浮くかを検証する実験に挑戦した際、着地時に腰を強く打ったという。

レギュラー出演していたフジテレビ深夜のバラエティー「1or8（ワンオアエイト）」で、「ヒロミがロケット花火をたくさん背負ってTBSの秋山さんみたいに宇宙へ行く企画！！」を敢行。ロケット花火を背負って宇宙に行くという無謀な企画で、1万本のロケット花火を背負って人間ロケットに挑戦。花火が引火しヒロミは全治4週間の大やけどを負いました。

フジテレビ発注の映画の撮影スタッフ4人が2010年8月、伊豆諸島・三宅島（東京都三宅村）付近でサンゴ19個を採取したことが判明し、猛烈な批判を浴びました。この問題で環境省は自然公園法に違反したとして、スタッフらが契約する映画製作会社シネバザール（東京）を厳重注意処分にしたと発表。フジテレビの豊田皓社長は24日の定例記者会見で「あってはならないこと。管理責任を感じている」と述べています。

2022年、「文春オンライン」によって、昼の情報バラエティ番組『ポップUP！』で同番組のアシスタントプロデューサーA氏が、二度、自殺未遂をしていたと報じられ、その原因が上司であるチーフプロデューサーX氏からパワハラを受けていたとされています。同誌に対し、X氏はパワハラや自殺未遂の事実を認めたが、フジテレビ側は、「当時の状況など詳細を確認しているところです」と回答しています。

フジテレビアナウンサーとして「森田一義アワー 笑っていいとも!」「プロ野球ニュース」「THEわれめDEポン」「すぽると!」などを担当した桜井堅一朗アナは、2001年2月3日、東京都目黒区の山手通りを4WDで運転中にUターンをした際、反対車線から直進してきたオートバイと衝突して運転手を死亡させ、業務上過失致死の現行犯で警視庁目黒署に逮捕されました。後に不起訴となり刑事責任は問われなかったものの1年ほど自粛。2002年に復帰しましたが、2021年4月30日に急死しています。死因は明らかになっていません。

「とくダネ！」が、視聴者に「浅田選手よりもキム選手のほうが実力が上」と感じさせる報道をしたことで、大きな反発を招きました。フジテレビは事態の鎮静化をはかるため、放送した特集「浅田真央逆転Vも… キム・ヨナ“実力”に差」の内容に関する訂正と謝罪をしました。

2000年、フジテレビの人気番組「笑う犬の冒険」などに出演中の人気お笑いトリオ、ネプチューンのリーダー、名倉潤と同局の社員ら番組スタッフの計４人が、元クラブホステスのＡ子さん（25）から強制わいせつ容疑で告訴されていた問題で、警視庁捜査１課と麻布署は10日、４人を同容疑で東京地検に書類送検したと報じられました。

2007年6月、フジテレビは、３年間にわたって会合費を不正請求し、約９００万円を着服したとして鈴木哲夫・前報道局長を同日付で懲戒解雇処分にしたと発表。監督責任者として報道担当の小櫃真佐己常務も３カ月の減俸処分とした。フジテレビによると、鈴木前局長は領収書を偽造するなどの手口で、平成１６年５月から２年１０カ月間にわたって、計１５３件、約９１３万円を不正に請求し、着服した。今年３月、東京国税局による税務調査で疑惑が発覚。本人に事情を聴いたところ、不正を認めたため、４月２８日付で報道局長の役職を解き、人事局付としていた。

サッカーやＦ１などの実況中継で活躍しているフジテレビ長坂哲夫アナウンサーが、番組女性スタッフへのセクハラ（性的嫌がらせ）のため、アナウンス室副部長の役職はく奪の上、総務局に異動していたことが判明しました。