フジテレビのスポーツニュース番組「すぽると！」が、ソウルであるサッカー日本代表の対韓国戦について「韓日戦」と表現したことで批判を浴びました。。「日韓戦と呼ぶべきだ」などの声がインターネット上で指摘されていますが、フジテレビによると「以前からホームのチームを先に表記していた」と今回に限った表現ではないと弁明しています。

2011年3月11日、2万2,325名の死者・行方不明者が発生した東日本大震災。それに伴う福島第一原発の事故は日本中を震撼させました。東京電力本社の会議室はマスコミに開放されており、緊急時のために各社最低一人は朝まで待機していましたが、夜勤担当になると毎回といっていいほどお酒を持ち込み飲んでいる記者が居たことが判明。ホットプレートを持ち込んでウィンナーを焼いたりしていた記者もいたそうです。フジテレビ広報部は、こういった酒盛りの事実を認め、厳重注意と指導を行ったと釈明しています。

2011年のFNS27時間テレビ内のバスケットボールのコーナーで、『いじめ』を彷彿とさせるシーンを放送したことにより、ネットが炎上しました。番組内のコーナー『すぽると! 美女アスリート合コンSP』にて、美女アスリート3人（片岡安祐美、伊藤沙月、中山明日実）と男性タレント3人（ナインティナイン・岡村隆史、SMAP・中居正広、ジャルジャル・福徳秀介）により、「ランチミーティング風合コン」として3on3（スリー・オン・スリー。6人で行うバスケットボールのミニゲームのこと）を行った。ただし合コンとは名ばかりで、「岡村をないがしろにし、その後岡村にバスケットボールを投げつける」というコントを行うというものでした。放送後、「いじめを彷彿とさせて不快だった」という抗議が一部の視聴者から発生。ネットでは「内容がひどすぎる」と炎上状態になりました。

2011年12月28日に放送された『笑っていいとも！』特大号にて毎回恒例として行われているモノマネのコーナーで、劇団ひとりとアイドルのAKB48の秋元才加とで行われたブータン夫妻のモノマネが、国王を侮辱していると炎上を招きました。ネット上では「これはヤバイだろ」「またフジテレビやったか」と大騒ぎだったそうです。

フジテレビ系列にて1968年より毎年1回、元日の朝から昼にかけて生放送されているお笑い演芸特別番組の爆笑ヒットパレードですが、2012年は録画であることがバレてしまいました。その理由は、１４：２８頃に東北から関東で震度４の地震が発生したにも関わらず、出演者の誰もリアクションしていなかったからです。「これはおかしい」と思った視聴者たちは、その後、検証を開始し、出演者たちの腕時計に注目。すると、１４：３０～１５：００頃に生放送していたにもかかわらず、複数の出演者の腕時計が４：５５（１６：５５）頃や１０：５５（２２：５５）など全く放送時間と大きく異なる時刻を示していたそうです。

2023年6月、「ちびまる子ちゃん」俳句企画と大喜利企画で、2022年6月～12月に紹介された29作品のうち、22作品の応募者にプレゼントを送っていなかったことを謝罪しました。公式サイトは、システムの不具合で応募者の氏名や住所などの情報が自動消去されていたと説明し、謝罪。一方「個人情報の漏えいは一切なかった」と釈明し、再発防止を徹底するとしています。

2011年、フジテレビで放送されたドラマ『それでも、生きていく』という番組の中に日本を罵倒する一場面があったとして問題になっています。その場面とは雑誌がゴミ箱に捨てられているシーンでその雑誌の表紙に「JAP18」と書かれていました。この「18」は韓国では「シッパル」と発音し、「この野郎」や「FUCK YOU」という意味を持っているもので、韓国では「18」そのものをスラングとして使うこともあり、批判を浴びました。

フジテレビ系のドラマで、主役が着ていたTシャツに「LITTLE BOY（リトルボーイ）」と書かれていたことを受け、広島県は「広島型原爆を意味する表現でもあり、今後は配慮してほしい」とフジテレビに電話で申し入れています。問題とされる場面は、2011年8月7日放送の学園ドラマ「花ざかりの君たちへ～イケメン☆パラダイス～2011」で主役のAKB48メンバー、前田敦子さんが寮で洗濯機を使う後ろ姿が映し出され、黄色のＴシャツの背中部分に「LITTLE BOY」と黒字で書かれていました。

フジテレビ系「ぽかぽか」では、2024年3月8日の放送でMCのハライチ澤部佑、岩井勇気、フリーアナウンサーの神田愛花が全員欠席。この日の放送は放送300回記念でしたが、異例事態に視聴者は衝撃を受けました。番組の公式サイトでは、3月6日に出演した複数の方が体調を崩したことを報告し、番組内で提供した食品による可能性があるとしています。

2016年、フジテレビの記者だった30代の男性社員が暴力団関係者に対し、乗用車を購入するのに必要な名義を貸す利益供与をした疑いが浮上。捜査関係者によると、男性社員は同社社会部に所属し、数年前まで警視庁の記者クラブで暴力団事件の取材などを担当していたそうです。社員は「反社会的勢力（暴力団関係者）であると認識していなかった」と説明したということだが、同局は「記者と取材対象者の関係として不適切なものだった」と謝罪しています。

2011年8月、 フジテレビ関係者とみられる人物が多数の懸賞品（F1、競馬、サッカー、ジャニーズなど）を横領し、ヤフーオークションに出品して転売していたという疑惑が浮上しました。この関係者は加熱するフジテレビバッシング問題にSNSでフジテレビを擁護するため過激な書き込みを連発。これに激怒した人が関係者を調べた結果、インターネットオークションサイトでF1レースやプロサッカー等のプレミアムグッズを転売していることを突きとめます。そのグッズが関係者しか手に入らないプレミアムグッズばかりだったようで、「テレビ局の物や懸賞グッズを転売してるんじゃないか？」とインターネットユーザーらが大激怒。そして大炎上となりました。

フジテレビの笑っていいともで日本人が好きな鍋のランキングで20代～60代の全ての年代でキムチ鍋が1位になったことが韓国系企業の明らかなデータの捏造だと話題になりました。この頃、フジテレビのやたらと韓国をプッシュしているなことがいろいろと物議を醸していたことも要因にあげられています。