東京都では、かつては府庁が東京市麹町区（神田区と合併して千代田区）にあり、都市名が採用されましたが、1943年に東京市は廃止されました。ちなみに、現在の都庁は新宿区西新宿にありますが、ここは1932年までは豊多摩郡淀橋町でした。現在、東京都では「東京都庁の位置を定める条例」により、東京都新宿区西新宿二丁目と定めています。

愛媛県誕生の際、県庁は松山に置かれました。 それは、伊予八藩の中でも最も石高が多かった松山藩（15万石）の城下町であったこと、愛媛県の中央部に位置していたことが主たる理由となっています。

那覇は国場川河口にあって琉球王朝時代から首都首里の外港として栄えた那覇港と、安里川河口にあって離島航路の船の停泊地であった泊港の港町から発展しました。 1879年沖縄県が設置されて県庁所在地となり、政治、経済、文化、交通の中心は首里から那覇へ移動しました。

明治22年（1889）の市制町村制による「行政町村」の成立 明治22年（1889）4月の市制町村制の施行にともない、神戸区に莵原郡葺合村と八部郡荒田村を併せて神戸市が誕生しました。 市の周辺では、連合町村戸長役場区域を基準として町村を合併し、町村規模を拡大する政策がとられました。

1871年(明治4年)の廃藩置県により、香川県の元となる高松藩は「高松県」へと名前を変えました。同じ年の11月に高松県と丸亀県が合併する形で誕生したのが香川県です。香川県の誕生と共に、城下町として栄えていた高松市が県庁所在地と決められました。高松市は吸収と独立を繰り返し安定しない土地となったため、17年間も不安定な状態が続き、他の県庁所在地と比べて随分発展が遅れることになったと言われています。

1873年6月には、栃木県と宇都宮県が合併し、県名は栃木県に、県庁は栃木町に置かれました。 ここまでは、県庁を置いた場所と県名は一致しており、栃木県の県名の由来が現在の栃木市にあるのもこのためです。宇都宮に県庁が移転した理由は、まず宇都宮に県庁を受け入れる政治、経済の余裕があっ たこと。 宇都宮は栃木県最大の経済力を持った都市であり、さらに政治都市としての素養もありました。 次に地理的な要因で、栃木県の中心にある事はもちろん、街道が通る陸路の要所とされていました。

埼玉は、もともと城下町で日光御成街道の宿場でもあった岩槻に県庁所在地を置こうとしましたが、適当な建物がなく浦和宿に県庁を置きました。ただ、浦和は足立郡ですが、県名は岩槻の所在地の埼玉郡からとったままになっていました。その後、2001年に浦和・大宮・与野の3市が合併するときに、さいたま市となりました。2005年に岩槻市も合流したので、部分的ですが晴れて郡名と一致したと言えます。

石川では、金沢藩（加賀藩）の旧藩士が県政に干渉することに怒った県令が1872年、県庁を金沢から石川郡美川（現在の白山市）に移して、県名も金沢県から石川県としたという言い伝えたがあります。のちに県庁は金沢に戻りましたが、金沢もまた石川郡内だったので県名はそのままになったと言われています。

津市が三重県の県庁所在地となったのは、明治時代の地方制度改革によるもので、その決定にはいくつかの理由が考えられます。まず、津市は江戸時代からの歴史的な港町であり、交通の要所としての役割を果たしてきました。また、伊勢神宮への参道である伊勢街道の宿場町でもあり、地理的にも中心的な位置にありました。その後、近代化が進むとともに、津市は商業、工業、交通などの面で発展を遂げ、県の行政機能を担うにふさわしい都市と認識されました。また、明治時代には津藩の藩庁が置かれていたことも、津市が県庁所在地となった背景にはあると考えられます。

江戸時代の終わりごろまで、横浜市のあたりは「東海道 神奈川宿しゅく」を中心に賑わいを見せていました。今の神奈川区にあたる場所で、県の名前の由来です。しかし、幕末にペリーが黒船にのって来航したことで、状況が一変。それまでは小さな漁村にすぎなかった横浜港の開発が急速に進みました。このような横浜の急激な発展が、県名と県庁所在地名に違いが生まれた理由の1つではないかと考えられます。

北海道は、1886年に函館県、札幌県、根室県の3県が廃止され、札幌に北海道庁が置かれました。北海道というのは東海道や山陽道などのアナロジーであり、同時にアイヌ語で「この地に生まれた人」を意味するカイという趣旨もあって名付けられたと言われています。札幌が道都に選ばれた経緯には、北海道の名付け親である松浦が大きく関係しています。 北海道全域を探検した松浦が「札幌は平野であり、水が湧き出る強固な地盤を持つ土地であるため道都に適している」と意見したことで札幌が道都に選ばれたそうです。