フェネギーくんはぼのぼのくんの友達で体の色がピンク色の男の子です。声と耳が大きいです。通称「フェネギー」です。最近は怒ることもありますが、アライグマくんを蹴ることもありました。また、現在では両親は引っ越ししましたが、両親が去った家に残り、一人暮らしをしています。

ポーズくんはビーバーさんの子供です。体の色はオレンジ色です。家族はいつも笑っている父親と気の強い母親がいます。泣き虫な性格で、泣きそうになると物凄い顔になります。キツネくんという友達がいます。14巻で再登場したときには、アライグマくんにいじめられても泣かなくなり、成長ぶりが披露されています。

クズリくんは、いつも道端でウンチをしているイタチです。かなり臆病な性格で、すごい音がしただけで気を失ってしまうほどです。しかし、所かまわずウンチをする点では度胸があります。当初はスナドリネコさんの家の前でウンチをするのが好きでした。アライグマくんに苛められていたこともありましたが、現在はアライグマくんとは仲良く遊んでいるところも見受けられます。

ぼのぼのくんの父親です。息子をそのまま大きくしたような容姿をしています。体の色は灰色に近い青緑色をしています。息子以上にすごくのんびりとした性格です。我慢が唯一の特技です。ぼのぼののことは「ぼの」と呼んでいます。寝る時は海面で仰向けになり、ワカメを布団代わりに腹に掛けています。男手一つでぼのぼのを育てています。

プレーリードッグくんは、洞穴等に住むプレリュードッグです。シマリスくんの親友です。砂漠に住んでいて、体の色は山吹色です。体は小さく、発信する言葉はシマリスくんだけが言葉を理解できる。そこにいるだけで幸せな気持ちにさせてくれる癒しキャラです。趣味は一人旅、砂漠に無い美しいものを見ることです。因みにシマリスくんと同じで泳げません。

スナドリネコさんはぼのぼのくんが一番信じている友達です。体色は金色で、人間にかなり近い体型をしており冷静沈着です。みんなに慕われていますが、時としてくだらない対立を生んだりしてしまいます。怠惰を好むところがあります。性格的には優しいところもあり傷ついた人がいたら敵も味方もなく助ける性格です。

アライグマくんは、ぼのぼのやシマリスくんにいたずらをします。家庭内の事情がとても複雑の中で育ったアライグマくんを知った時に、応援したくなる気持ちになります。いつもいじめたり、相手を傷つけることを言ったりしますが、実はこのアニメで登場するキャラクターの中では、いちばん仲間思いです。

しまっちゃうおじさんは、ほのぼのくんの妄想として登場するキャラクターです。ツッコミどころが沢山あるキャラクターでいじりたくなってしまいます。声も美しくついつい集中して見てしまうキャラクターです。ピンク色の毛並にブチ模様、耳はネズミのように丸く大きい。何の動物かは見ただけではわかりません。

シマリスくんは、小さくて、チョコチョコしていて、常にクルミを離さないそのスタイル、毎回アライグマくんに「いじめる？」と首を傾げて聞く仕草や後ろをチョコチョコ歩く姿や早口なところは見ている人に癒しを与えてくれます。しかしアライグマくんや二人のお姉さんに冷たくあしらわれても、自分の意思を曲げない強いところもあります。

ほのぼのくんの主人公。元々は戦災孤児での野球チームの監督でした。1998年に描かれた「ほのぼの君オールスター」では司会者として紹介されています。現在はラッコの子どもでのんびり屋で優しい性格の持ち主として紹介されています。森の仲間たちと共に、のんびりとした毎日を過ごし見る人に癒しを与えてくれます。