早稲田大学において、中国の国家主席であった江沢民の講演会が行われた。その際、参加を希望する生徒は、名簿に学籍番号、名前、住所、電話番号を記入し入場券を受け取っていた。警視庁は防犯上の観点から大学側に参加者名簿の提出を求め、大学はこれを了承した。講演会の参加者Ｘは、「無断で名簿を渡されたことでプライバシーが侵害されたと」して大学を訴えました。

約1年後に名簿が無断で警察に提出されていたことが報道され、複数の学生が早稲田大学に対しプライバシー侵害を理由に損害賠償を求めて出訴。2004年3月24日に東京高裁は「原告らの同意を得ずに個人情報を提供したのは、プライバシーの侵害にあたる」として計1万5000円の支払いを命じる判決を言い渡しました。氏名、住所、電話番号を本人の許可なく勝手に第三者に提供することがプライバシー侵害になるということが認められた貴重な判例となりました。

早稲田大学博士論文不正問題とは、早稲田大学が認定した博士論文における盗用・剽窃、及びその疑いによる調査や、それらにより生じた様々な問題で、2013年には公共経営研究科において、中国人留学生の論文盗用・剽窃が告発され、初の学位返還という事態に至りました。2014年には刺激惹起性多能性獲得細胞関連論文の疑惑発覚に伴い、小保方晴子の博士論文において序論や画像、参考文献などで問題が発覚。さらに先進理工学研究科が認定した280本全ての博士論文においても調査を行う事態となりました。

早稲田大学が設置した調査委員会は「取り違いによって作成初期段階の草稿が製本され、それが博士論文として大学に提出された」という小保方氏の主張を真実と認定した上で、「製本された論文を前提とすれば、学位を授与すべきでなかったが、大学の審査体制の不備で、いったん、授与してしまった以上は、大学で定められている『取り消し規定』に該当しない限り、取り消しはできない。今回のケースは、その規定に該当しない」との結論を出した。調査委員会の結論は大学の内外に波紋を広げ、早稲田大学、さらには日本の学位全体の信用問題として注目を集めることになった。後に、早稲田大学は調査委員会の結論を受け入れず、猶予期間を設けたうえで小保方氏の博士号を取り消す決定を行っています。

川口大三郎事件とは、1972年（昭和47年）11月8日に東京都の早稲田大学構内で発生した革マル派による早稲田大学第一文学部の男子学生へのリンチ殺人死体遺棄事件です。1972年（昭和47年）11月9日早朝、東京大学医学部附属病院前にパジャマ姿の若い男性の遺体が発見された。遺体は全身殴打され、アザだらけで骨折した腕から骨が出ていた。被害者は当時、早稲田大学第一文学部の学生である川口 大三郎（当時20歳）で、その後、革マル派によるリンチ殺人と判明しました。

大宅壮一ノンフィクション賞を受賞した樋田毅「彼は早稲田で死んだ　大学構内リンチ殺人事件の永遠」（文芸春秋）は、この川口大三郎さんの殺害事件とその後の学生たちの行動を描いており、さらに「海辺のカフカ」（上・下、新潮文庫）に登場する佐伯という女性の恋人の殺され方が、この虐殺事件を想起させると指摘されていることから、「海辺のカフカ」の作者でもある、当時同大学に所属していた村上春樹にも大きな影響を与えた衝撃的な事件と言われています。

スーパーフリー事件は、早稲田大学のイベントサークルを舞台にして行われた大規模な輪姦事件で、早稲田大学のインカレサークル「スーパーフリー」のメンバーは、女子大生らへの輪姦を1998年4月頃から常習的に行っていました。輪姦された女性の数は数百人以上に上り、2003年5月18日に警察に被害届が出されたことで発覚しました。早稲田大学の他にも東京大学、慶應義塾大学、明治大学、法政大学、学習院大学、日本大学といった首都圏の名門大学出身の学生ら合わせて14人が準強姦罪で実刑判決を受けたことにより、この事件は重大な社会的波紋を呼び、2004年の集団強姦罪・集団強姦致死傷罪の創設につながりました。

起訴されたのは3件の輪姦のみであり、関与した多くの者が未逮捕のままとなりました。輪姦を幇助した女性も多数存在しましたが、女性は1人も逮捕されていません。スーパーフリーはスーフリと略称され、世間一般的に知られ、2003年度に6.2倍だった早稲田大学の受験倍率は、2004年度には5.5倍に下落するなど大きな影響を及ぼしました。