早稲田大学広末涼子入学騒動では、1998年に女性アイドルの広末涼子が早稲田大学に自己推薦入試で合格し、翌1999年度に入学したことに関連する一連の騒動で、広末の通う品川女子学院高等部の理事長と当時の早稲田大学教育学部長・渡辺重範が懇意でした。そしてこの教育学部長は広末の入学が発表される数ヶ月前から広末涼子は合格と発言。広末は11月に教育学部国語国文学科に自己推薦入試で合格すると、1999年の早稲田大学の入学試験の受験者数は、女子が309人増加、男子は2785人増加しました。

当時の広末はトップアイドルであり、人気ドラマに立て続けに出演し紅白歌合戦にも出場するほどで、当時の早稲田大学総長は第二の吉永小百合が来ると喜んでいたと言われていました。しかし「噂の真相」が「不正入試疑惑」を報じており、1997年7月に入学反対の立て看板が登場したと「噂の真相」誌上で批判されることもありました。なお、広末は2003年10月6日に「女優業に専念したい」との理由で早稲田大学を退学しています。

早稲田大学の内部情報が記載された資料が、ファイル共有ソフト経由で流出していたことが判明しました。流出したのは、同大「ハラスメント防止委員会室」の内部資料。1999年から2007年にかけて受け付けた職員や学生のセクシャルハラスメントなどに関する相談719件が含まれ、相談内容や関係者の個人情報が含まれていました。

嘱託職員が外部へデータを持ち出して作業を行っており、その際にファイル共有ソフト経由で流出したと見られています。インターネットの掲示板へ流出を指摘する書き込みも行われていたそうです。早稲田大学は白井克彦総長（当時）の監督責任を問い、3か月の減給処分（職務給10％減）としました。また、学生担当と職員人事担当の常任理事2人もそれぞれ1か月の減給処分としています。

2015年11月13日、早稲田大学は、教え子3人の学位論文の一部を自らの論文に無断で使用したとして、商学学術院の田村泰一准教授を停職4カ月の懲戒処分にしたと発表しました。大学によると、問題となった論文は田村准教授が2013～14年に学会誌などで発表した4本。過去に大学院で指導していた学生3人による論文の表現やデータを引用したが明示せず、許可も取っていなかったそうです。

問題となった論文は企業の経営戦略などに関するもので、『日本経営学会誌』に2本、『早稲田国際経営研究』に2本掲載されていたそうです。田村准教授は、経営戦略とアントレプレナーシップが専門で、文部科学省の科学技術政策研究所客員研究官も務めていたことから関係者に衝撃が広がりました。

2006年6月、経済産業省および新エネルギー・産業技術総合開発機構 （NEDO） 受託事業研究費、科学技術振興機構 （JST） 科学技術研究費などの不正流用問題が表面化しました。不正流用の事件化は見送られ、早稲田大学側が不正額に対して利息を付した金額を返還することで収束することとなりました。この問題を受けて、松本和子氏は文部科学省から研究費助成の5年間停止処分を受けた。

2006年12月、早稲田大学は松本和子氏に対して退職勧告付きの1年間の停職処分を下し、12月22日に松本氏の辞表を受理しました。松本氏は東京工業大学の経営協議会委員も辞任。一連の出来事は、科学技術行政分野、とりわけ研究不正防止に関する委員会等の要職に就いていた研究者による不正事案ということで大きな問題となりました。

2012年9月、早稲田大学が2009年度の文部科学省委託事業としてまとめた調査研究報告書「社会人の大学院教育の実態把握に関する調査研究」（予算約900万円）に他の文献の盗用があると指摘され、学内調査の結果少なくとも8カ所で盗用が見つかり、同報告書代表の松居も出典を示さなかったことを認めました。

大学によると、松居教授は「引用した文献のリストを用意していたが、文科省への提出時に付け忘れた」と説明。リストの存在が確認できたことや、引用部分が調査研究の結論に影響しないことから、大学は教授の主張を認め「ミスだった可能性が高い」と判断。大学は9月13日付けで松居教授を訓戒処分としています。

ペルー早稲田大学探検部員殺害事件とは、1997年にペルーで発生し、早稲田大学の日本人学生2名が犠牲になった殺害事件。探検部に所属する2名が、アマゾン川をイカダで下る冒険旅行の途中、営利目的のペルー陸軍の兵士に暴行のうえ殺害されました。

事実誤認を指摘された橋本龍太郎首相の言動や事件への対処能力、補償問題、海外での日本人の安全確保、冒険の是非などさまざまな議論も起きた事件でした。内閣総理大臣の職にあった橋本龍太郎は事件の報に接し、営利目的の正規軍兵士に殺害されたにもかかわらず、記者団の前で「ペルーはMRTAだけでなくほかにもテロ組織があって、当然、政府軍との間でピリピリしている。十分事前に準備して最小限にとどめる必要がある。十分事前に準備をできていたのか、冒険好きの僕からみると疑問に思う」と述べた。これに対して、被害者の父親は「日本を導く人間の発言が、たとえ戯言であっても、死者に対し、あの様な暴言を吐くべきではないと思います。絶対に許せません。怒髪天を衝く憤りを覚えます」と毅然とした態度で反論しました。