2006年9月、北海道の基地内に勤務していた被害者の女性自衛官（当時20歳）は、夜勤中の同僚男性に呼び出されて性的被害を受けます。上司に相談したところ、事情聴取を男性隊員が行うなど不適切な対応を受けたうえに、退職を強要されたとして2007年に訴えを起こします。女性は提訴後も自衛隊での任期延長を望んでいましたが認められず、退職しています。加害男性は刑事は不起訴処分とされ、その後停職60日の懲戒処分を受けていますが、国側は女性の訴えに対し、性的行為は合意に基づいており、退職強要の事実はない等と主張しました。

2010年7月29日、札幌地裁大法廷は、深夜勤務時間内に飲酒の上に起こした性暴力を「合意の上のこと」とする加害者の主張は「信用できない」「階級の上下関係を利用し、周囲から隔絶された部屋で女性の抵抗を抑圧した」と認定。事件後、普段と違う原告の行動を不審に思い、話を聞いた上司らの対応については、被害を受けた側に立った適切な保護・援助の措置を取らなかったこと、それどころか被害を訴えた原告を退職に追い込もうとしたことを違法な処遇と明確に判断し、加害者の性暴力に対する損害賠償を200万円、監督者として義務を尽くさなかった上司らの過ちに対する慰謝料を300万円と認定（80万円は弁護士費用）しました。自衛隊内の性暴力が明るみに出た衝撃的な事件でした。

2004年10月27日、「たちかぜ」の一等海士（当時21歳）が京急立会川駅で飛び込み自殺する事件が発生しました。遺書には、家族への感謝の言葉とともに、上職の二等海曹を名指しして批判し、虐待を受けた事を示唆する内容が書かれていたことからたちかぜ艦内のいじめ問題が発覚。横浜地方裁判所横須賀支部刑事部は、「いじめは艦内では日常茶飯事、常習的で、本件は氷山の一角」「暴行を苦にしたとみられる隊員が自殺したのをどう償うのか」と、海自と二曹の「行為」を認定したことから世間に衝撃が広がりました。

2004年、海自はたちかぜ全乗員に対し、暴行や恐喝の有無を尋ねるアンケートを実施。2005年、遺族がアンケートの公開を要求するも、海自側は「アンケートは破棄した。」と回答。しかしある三佐が、2008年からアンケートの公開を海自に働きかけたことで実際は破棄されていないことが判明。結果として裁判所は一等海士へのいじめを認定し、遺族側が完全勝訴することになりました。2013年（平成25年）6月、海自は東京高裁に意見陳述した三佐に対して、調査の関連書類を自宅に保管していた事を規律違反だとして懲戒処分手続きの開始を通告すると、世論から激しい批判を受け、処分は見送られました。

1984年2月27日昼ごろ、陸上自衛隊山口駐屯地近傍にある山口射撃場で、射撃訓練を受けていた第17普通科連隊所属の60人の隊員のうち、左端にいた二等陸士A（当時21歳）が振り向きざまに、持っていた64式小銃を居並ぶ自衛官に向けて乱射しました。結果、4人が重軽傷を負い、そのうち1人（当時18歳）は翌日死亡しました。Aは小銃を携帯したまま、ジープで逃走。ただちに、自衛隊や山口県警察は厳戒態勢をとり、午後4時40分に山口市内で身柄を拘束しました。

Aは、「日頃から馬鹿にされて鬱屈が溜まっていた。『どうにでもなれ』と思って射った」と証言動機を語っていますが、重度のうつ病による心神喪失状態にあったとして不起訴後、精神病院に入院。Aは懲戒免職処分を受けたほか、夏目晴雄防衛事務次官が訓戒処分となったのをはじめ、自衛隊上層部24人が減給から注意までの処分を受けました。このうち、Aの直属の上官の二等陸曹（当時36歳）は、処分を受けた4ヶ月後の7月3日に自殺しています。

沖縄・自衛官爆死事件は2003年8月31日に沖縄県沖縄市の資材置き場で53歳の男性自衛官一人が爆発による負傷で失血死、後に同自衛官が趣味などで収集していたと見られる多量の武器・弾薬が住宅地のアパート2部屋から発見された一連の事件です。

翌9月1日に県警が火薬類取締法違反容疑で被疑者死亡のまま同自衛官宅の捜索を行ったところ、66ミリ対戦車りゅう弾3発などロケット弾計5発、実弾689発、訓練弾1636発、M16自動小銃1丁、M1カービン1丁など計2332点の違法な武器弾薬を押収。マニア筋に高値で売る目的で所有されていたとみられています。

発生地点：石川県輪島市、舳倉島の南東10キロ
発生時刻：1995年（平成7年）11月22日午前8時40分頃

1995年11月22日、空中戦闘機動（ACM）訓練中、攻撃側のF-15J戦闘機（操縦：A一等空尉）が、誤ってAIM-9L空対空ミサイルを発射し、敵役のF-15J戦闘機（操縦：B二等空尉）を撃墜。B二尉は直ちに射出座席で脱出し無事でしたが、機体は海へ沈みました。航空自衛隊にとって通算8機目のF-15墜落事故かつ自衛隊史上初の撃墜であるとともに、F-15が航空機によって撃墜された世界初にして唯一の事例となりました。

事故原因については、F-15の製造元である三菱重工が調査にあたりましたが異常は発見されず、人為的ミス（パイロットエラー）の可能性が濃厚となっています。1996年（平成8年）6月13日、防衛庁（当時）は杉山蕃統合幕僚会議議長（当時）、小泉進航空総隊司令官、早瀬洋一中部航空方面隊司令官、以下関係者計8名への処分を発表した。A一尉は停職10日とともに、パイロット資格を剥奪されました。

発生地点：横須賀港東部海域
発生時刻：1988年（昭和63年）7月23日午後3時38分
加害船：ゆうしお型潜水艦「なだしお」
被害船：遊漁船「第一富士丸」
死者：30名
負傷者：17名

1988年（昭和63年）7月23日、横須賀港北防波堤灯台東約3km沖において、訓練を終えて基地へ帰投途中だった海上自衛隊第2潜水隊群第2潜水隊所属のゆうしお型潜水艦「なだしお」と新島に向かう遊漁船「第一富士丸」が衝突し、「第一富士丸」が沈没。「第一富士丸」の乗客39人、乗員9のうち30名が死亡し、17名が重軽傷を負いました。

事故発生時の救助・通報の遅れに対する批判や自衛隊艦船らの平素からの海上交通ルールを無視した危険･横暴な運航姿勢、海上自衛隊側が艦長を直ちに海上保安庁の調査に応じさせないことで口裏合わせをしていたのではないかとの疑惑、艦長らが衝突時の航海日誌を事件後に書直させていたことが発覚したこと、「なだしお」の軍事機密とされる旋回性能の検証開示を行わせたこと、タカ派･保守派を自認していた一部評論家らが軍艦優先が国際常識との自衛隊擁護論を展開したもののその虚偽がじきに明らかになったことでも話題となりました。この事件によって当時防衛庁長官だった自民党の瓦力が引責辞任しています。

発生地点：野島崎（千葉県南房総市）沖の太平洋
発生時刻：2008年2月19日午前4時7分頃
加害船：イージス艦あたご型ミサイル護衛艦「あたご」
被害船：清徳丸（せいとくまる）
死者：2名（清徳丸乗組員）

イージス艦衝突事故は、2008年（平成20年）2月19日に海上自衛隊所属のイージス艦と漁船とが衝突して発生した海難事故です。清徳丸は船体が2つに裂け大破・沈没。乗員であった船主（58歳男性）と船主の長男（23歳男性）の2名が行方不明となりました。数十日間におよぶ漁協関係者・海上保安庁・海上自衛隊3者が懸命の捜索をおこないましたが発見できず、2人は同年5月20日に認定死亡とされました。

この海難事故では自衛艦側の過失や情報公開の姿勢、自衛隊員への教育についてマスコミに取り挙げられ、世間的に話題となったほか、2月21日には石破茂防衛大臣が新勝浦市漁業協同組合川津支所や遺族宅を訪れ、直接謝罪をするなど異例の事態となりました。事故の回避義務について海難審判ではあたご側に、刑事裁判では清徳丸側にそれぞれあったとされ判断が分かれました。刑事裁判は、第一審・第二審ともにあたご側に無罪判決が下った後、検察側が上告を行わなかったことから2013年6月26日付をもって終息しました。

被害者である五ノ井里奈さんは2020年4月に陸上自衛隊に入隊し、福島県の郡山駐屯地に配属されました。 部隊では女性は1割に満たず、廊下で男性隊員に抱きつかれる・宴会で胸を触られる等のセクハラが頻繁に行われたそうです。 勤務中に男性隊員が「柔道しようぜ」と言いながら五ノ井さんの腰をつかまえ、バックのような体勢で腰を振ってくることもあったそうです。