自衛隊が海外で活動できるのは非戦闘地域に限定されていますが、この日報の中には「戦闘」という文言が使用されているものもあり、派遣されている地域が非戦闘地域に当たらないのではないか、自衛隊が危険な地域に派遣されているのではないか、ひいてはこれら海外派遣が憲法9条に違反するのではないかとの視点で議論されました。また、日報が廃棄済みであると答弁したことについて、派遣されている地域が非戦闘地域に当たらない可能性を隠そうとしたのではないかと疑われ、自衛隊への国民の信頼が揺らぐ事態に発展しました。

ボガチョンコフ事件とは、ロシア連邦軍参謀本部情報部（GRU）の工作官が日本の海上自衛隊三佐（三等海佐）に対してスパイ活動を行った事件です。2000年11月27日に東京地方裁判所で初公判が行われた。三等海佐は全面的に罪を認め、弁護側は懲戒免職になっていた事から、執行猶予付き判決を求めた。2001年3月7日に「刑事責任は相当に重い」として自衛隊法違反の罪で懲役十月の実刑判決を下し、三等海佐は控訴せず、刑に服しました。

この事件により防衛庁は計52人を処分しました。防衛庁長官であった虎島和夫は自主的に給料の5分の1（1ヵ月）を返納。また、この事件では海自幹部が機密文書をコピーしていた事が判明するなど、防衛庁の秘密保全態勢が問題になりました。防衛庁は秘密保全の態勢を強化する為に調査隊を改組して防諜を任務とする情報保全隊を2003年に設立。その後、情報保全隊は2009年8月1日付で防衛大臣直轄の自衛隊情報保全隊に再編されました。

防衛庁調達実施本部の装備品納入をめぐり、本部長と副本部長が結託し、調達価格水増し要求に対する過払い認定と各社の返納に関連して、返納額を恣意的に減額した。その見返りに、職員の天下り先を確保させるなどを官財の癒着が問題視され、本部長と副本部長が東京地方検察庁特別捜査部に逮捕された事件です。

本部長は懲役3年執行猶予5年の有罪判決が確定し、副本部長は天下り先で得た顧問料が事後収賄罪に認定されて懲役4年追徴金838万5000円の実刑判決が確定。NEC元専務らメーカー12人に執行猶予付きの懲役刑が一審で確定するなど多くの人物が裁かれました。また、当時の額賀福志郎防衛庁長官はこの事件によって参議院本会議で問責決議が可決され、辞任に追い込まれています。

護衛艦たちかぜ暴行恐喝事件とは、2004年6月頃に海上自衛隊のたちかぜ (護衛艦)内で発生した、暴行恐喝事件です。加害者・被害者ともに自衛官で、主犯は第2分隊22班に属するS二等海曹とB海士でした。2004年10月27日、被害者のたちかぜの一等海士（当時21歳）が立会川駅で飛び込み自殺。遺書にSを名指しして絶対に許さない旨記していました。

Sは暴行罪と恐喝罪で横浜地方裁判所横須賀支部に起訴されました。起訴事実を認めました。初公判は2005年1月19日、加害者に対し横浜地裁横須賀支部は懲役2年6ヶ月執行猶予4年の有罪判決を下しました。判決では、「艦内の暴行は日常的」「事件は氷山の一角」と指摘されました。これをうけ横須賀地方総監部はSを懲戒免職処分としました。

1998年10月29日東京地検特捜部に政党助成法違反容疑で逮捕され、同年11月19日には公職選挙法違反で再逮捕。12月15日には海上自衛隊の救難飛行艇開発問題に絡む受託収賄容疑で3回目の逮捕。同年12月28日受託収賄罪などで起訴された。1999年1月罪状を認めた後、議員辞職。7月には東京地裁で懲役2年6ヶ月、追徴金1000万円の実刑判決を受けました。

中島は防衛政務次官だった1996年に富士重工業の川合勇会長と専務から請託を受けて現金500万円を受け取って、海上自衛隊の次期救難飛行艇の開発の受注に便宜を図りました。なお、富士重工業は前身が中島飛行機であり、中島飛行機の創業者の中島知久平は中島洋次郎にとって祖父にあたります。その後ショックで精神不安定となり、カウンセリングや投薬治療を受けたものの「抜け殻」状態であったという。2000年9月には東京高裁でも実刑判決を受け、10月には最高裁に上告したが、最終結審前の2001年1月6日東京都内の自宅で首吊り自殺して世間に衝撃を与えました。

アメリカのSECが、グラマン社が自社の早期警戒機（E-2C）の売込みのため、日本の政府高官（岸信介・福田赳夫・中曽根康弘・松野頼三）らに代理店の日商岩井（現・双日）を経由して、不正資金を渡したことを告発。相次ぐ証言を受け、東京地検特捜部は、米SECに資料提供を要請し捜査を開始します。

そんな矢先、日商岩井航空機部門担当の島田常務が、赤坂の同社本社ビルから遺書を残して投身自殺すると世間に衝撃を与えました。遺書には「日商岩井の皆さん。男は堂々とあるべき。会社の生命は永遠です。その永遠の為に私たちは奉仕すべきです。私達の勤務はわずか20年か30年でも会社の生命は永遠です。それを守るために男として堂々とあるべきです。今回の疑惑、会社はイメージダウン、本当に申し訳なく思います。責任とります。」と書かれていた。キーマンの自殺によって、捜査は難航。多くの政治家や商社マンに嫌疑がかけられたが、結局商社の３人だけが起訴され、日商岩井・海部八郎副社長に懲役2年執行猶予3年の判決。被告原告共に控訴せず、同年8月7日確定しました。

2006年（平成18年）8月には、海上自衛隊対馬防備隊上対馬警備所の自衛官（一等海曹）が、持ち出し禁止の内部情報を無断で持ち出し、防衛省に許可無く中華人民共和国上海市などへの渡航を繰り返していたことが判明したほか、自衛官が、情報漏洩事件を苦に自殺した上海総領事館員が訪れていたのと同じカラオケ店に出入りしていたこともわかった。実際に自衛官らによって、海自の内部情報が中国国内に持ち込まれたり総領事館員と接触していたかどうかは不明だが、同月にこの事件で海自の取り調べを受けていた自衛官1人が護衛艦内で自殺しています。

守屋武昌前防衛事務次官が在職中に、防衛専門商社「山田洋行」の元専務（独立して「日本ミライズ」という別会社を創設）から度重なるゴルフ接待などを受けていた疑惑が、2007年10月に全国紙によって報じられました。ゴルフ接待の回数は300回に上るとされ、これが事実なら自衛隊の倫理規定違反であると世間に衝撃が広がりました。守屋前次官は10月29日に衆議院で、11月15日に参議院で証人喚問され、11月27日に収賄の容疑で妻とともに逮捕されました。

守屋前次官は、航空自衛隊の次期輸送機CXのエンジン調達で、日本ミライズが随意契約をとれるよう口利きした容疑、このほかにも、山田洋行が海上自衛隊からの受注で大幅水増し請求をしていたことも発覚しました。また、国会での証人喚問で、守屋前次官は山田洋行元専務らとの宴席に久間章生元防衛相と額賀福志郎元防衛庁長官（現財務相）が同席していたと証言し、一連の汚職に政治家が関与していた可能性も出てきた。民主党は守屋前次官の再喚問と額賀財務相の証人喚問を求めたが、守屋前次官の逮捕により断念しました。

1957年2月5日夜、広島県賀茂郡八本松町（現東広島市）陸上自衛隊原村演習場にて、夜間行進演習が行われた。これは10㎏の装備を着用し、80㎞を行進するという訓練であった。この日は、真冬の寒さに加え、強い雨が降っており、行進に参加した隊員たちの体力を否応なく奪っていった。その結果、翌6日に、第7普通科連隊所属の24歳の隊員が行軍中に急性心臓衰弱で、25歳の隊員が到着後に急性心臓マヒで、帰らぬ人となりました。

事件後、当時の陸上幕僚長は、行軍参加者を「全自衛隊員の鑑」と称賛したが、その後の調査で、参加者のほとんどは上官の暴行により参加を強制されていたことが明らかになりました。また、本件は国会でも追及されたため、同年3月12日、防衛庁（当時）は陸自幹部ら10人を処分しています。