一般事務用品の調達・管理を担当する千葉県木更津市の航空自衛隊第1補給処において、平成17年度（2005年4月）から20年度（2008年3月）の4年間にわたり発注したオフィス用品の入札を巡って、官側が組織的に談合を主導していたことが2010年（平成22年）3月に発覚。公正取引委員会は官製談合防止法違反に当たるとして防衛省に改善を勧告しました。当面の処置として防衛省は公正取引委員会から排除命令を受けた関連企業5社を3月31日から1年間指名停止処分としたほか、防衛大臣政務官を委員長とする事案調査・検討委員会を設置して全容の解明に乗り出しました。

調査の結果、本事案の調査対象となった会計年度に締結した計311件、約75億6000万円に上る事務用品の契約のすべてが官製談合だったこと、うち216件は航空機修理費などから約60億円を財務省の承認を得ないまま無断で流用し机・椅子などの事務用品の購入費用に充てていたことが明らかとなった。防衛省は同日付で、更迭した前処長を停職30日とするなど22名を懲戒処分、監督責任として外薗健一朗航空幕僚長以下28名を内規に基づく訓戒とするなど計50人を処分。この処分を受け、外薗空幕長と航空自衛隊補給本部長が監督責任を取り引責辞任しました。

元調査学校副校長の陸将補・宮永幸久及び現職隊員2名がソビエト連邦大使館付GRUの職員に常続的に秘密情報を売り渡した事件です。自衛隊法第59条（守秘義務）違反で1980年（昭和55年）逮捕の後、防衛庁長官久保田円次と陸上幕僚長永野茂門が引責辞任。宮永に懲役1年、ほか2名には懲役8ヶ月の判決が下され、有罪が確定しています。

この事件の責任を取る形で防衛庁長官の久保田円次と陸上幕僚長の永野茂門が辞任した。後任の陸上幕僚長には鈴木敏通の他に飯山茂も候補の一人に挙がったが、逮捕された自衛官が部下であったことから、結局鈴木が就任しています。この事件の報復として起きたと考えられているのが「トビリシ毒ウォッカ事件」で、在モスクワ防衛駐在官であった平野浤治ら2人がグルジア（現ジョージア、当時はソ連の一部であった）のトビリシを視察中、レストランで同席した男の勧めてきたウォッカを飲んだとたん激しいめまい、吐き気、背中の痛みなどを訴えた。平野らは辛くも命を取り留めたものの、日本警察はGRUの報復と受け取っています。

1994年（平成6年）11月、当時の陸上自衛隊第1空挺団普通科群長のA一等陸佐が、習志野駐屯地夏まつり前夜祭の第1空挺団普通科群曹友会の演芸会で行われたストリップショーにストリップ嬢を手配した見返りとして、東富士演習場内に乗馬仲間である民間人3名を無断で立ち入らせた上、実弾を装填した89式5.56mm小銃や機関銃を貸与して試射させた。さらにAは民間人から借りた猟銃を持ち込んで、公安委員会の許可を得ずに訓練の合間に発射する違法行為を行っていました。

正当な理由なしに立入制限区域に民間人を立ち入らせたことおよび自衛隊の保有する武器を使用した行為が自衛隊法違反であったものの、組織ぐるみの隠蔽工作により立件されなかったこと、部内の秩序維持を任務とする警務隊も意図的に隠蔽に加担したことが後に発覚。5年後の2000年（平成12年）3月、当事者は銃刀法違反で東部方面警務隊に逮捕・起訴され、懲戒免職となりました。

2013年6月中旬に三井住友海上火災保険から防衛大学校の医務室への問い合わせで、防衛大学校の学生5人が実際は負傷していないのに入院した等と偽って保険会社保険金を騙し取ったことが発覚し、警務隊によって詐欺容疑で書類送検されました。 犯人は、10万円未満の保険金を受け取りには診断書が必要とされないという制度を悪用し、PCで記載事項を改竄した『受診カード』を偽造していました。

この5人が任官した先輩から教わったと捜査員に対して供述しており、警務隊は組織的かつ継続的な犯行が行われているものと見てこの事件の徹底究明に乗り出すとともに同年9月27日付で彼らに退校処分（懲戒免職）を下しました。2014年3月7日に新たに4学年の5人を書類送検、2014年4月11日には、防衛大学校は本事件に関与した本科3学年2人と2学年1人の計3人を新たに退校処分としました。また、同年9月2日、防衛省は現職であった3等海尉2人と3等空尉2人を、防衛大学校在籍時の2013年に本事件に関わっていたとして、懲戒免職処分を下すなど多くの処分者を出しました。

アメリカ軍横田基地などの受変電設備や電機設置工事の競争入札を巡り、防衛施設庁OBである財団法人「防衛施設技術協会」理事長のほか、同庁技術審議官と前施設調査官の官僚2名が主導し、業者も参加する形で官製談合が行われました。2006年1月30日に発覚。2003年から2004年にかけての岩国飛行場滑走路移設関連工事、佐世保米軍基地関連工事、自衛隊中央病院と市ケ谷庁舎の新設空調工事について、防衛施設技術協会理事長と防衛施設庁官僚2人が競売入札妨害罪で逮捕されました。

この事件で明らかになったのは、歴代の防衛施設庁の建設部系官僚は、旧防衛庁OBを有利な条件で天下りを受け入れた発注業者ほど有利な条件で工事などの発注を行っており、その体制を維持するために、防衛施設庁サイドで落札する業者を事前に決定する、いわゆる官製談合を長年にわたり行っていたことでした。そのため、国民の平和と安全のために費やされているはずの「防衛費」の一部を、業者の利益ばかりでなく、官僚自身の退官後の有利な再就職先の確保のために利用するという、破廉恥な行為であると非難されました。

1973年（昭和48年）6月23日、栃木県宇都宮市にある陸上自衛隊北宇都宮駐屯地（宇都宮飛行場：RJTU）の滑走路から、突然富士 LM-1連絡機が離陸した。夜間のことであり、既に管制塔が閉鎖されていたため、駐屯地内は大騒ぎになりました。隊内の調査で、同駐屯地の航空学校宇都宮分校（現宇都宮校）に整備員として所属し、直前まで基地の隊員クラブで飲酒をしていた3等陸曹（当時20歳）が行方不明となっていることが判明します。

事件後1ヶ月間にわたる捜索でも、現在に至るまで機体・3曹共に発見できませんでした。LM-1に搭載された5時間20分相当（航続距離約1,300km）の燃料が尽きたため、墜落したと推定されていますが、一部では北朝鮮へ亡命したのでは？との噂もあります。防衛庁と陸上自衛隊は、3曹が酔った勢いで突如航空機を操縦してみたいという衝動に駆られ、乗り逃げしたものと断定しています。事件を起こした3曹は、同年8月1日付けで行方不明のまま懲戒免職とされました。

2006年9月8日午後4時45分頃、第4戦車大隊本部管理中隊の武器庫において、当直の幹部隊員数人が武器庫を点検したところ、庫内から64式7.62mm小銃1丁、同弾倉1個、9mm拳銃1丁、同弾倉2個、双眼鏡1個が消失していたことが判明しました。大分県警・宮崎県警に合同捜査本部が設置されるとともに、第4師団では事件発生から4ヶ月にわたり総動員で捜索を行いましたが発見には至りませんでした。この事故の調査過程で武器庫管理のずさんな実態が明らかとなり、2007年1月、本事案に関与した隊員30名が処分されました。その後も捜索は続けられ、2008年6月に宮崎県高鍋町の小丸川河口から小銃の部品の一部が発見されました。

2008年8月、高鍋町在住の元自衛官が2007年12月に町内のパチンコ店へ侵入を図ったとして、武器が紛失した部隊に所属していた元隊員（元2等陸曹・2006年3月退職）が建造物侵入未遂・器物損壊の容疑で逮捕されます。捜査過程で本事件への関与を大筋で認めたため、同年9月、大分・宮崎県警合同捜査本部及び陸上自衛隊警務隊は、元隊員を銃刀法違反などの容疑で再逮捕。持ち出された武器類は分解投棄された小銃を除きすべて回収されました。2008年12月11日、宮崎地裁の初公判で被告に対し懲役3年6月の実刑判決が下されました。

自衛隊日報問題は、自衛隊海外派遣部隊がイラクや南スーダンに派遣されていたときに作成した日報を、すでに廃棄していて存在しないと防衛省・自衛隊が説明していたのに、廃棄されていなかった一連の問題です。