生年月日：2月13日

日向マコトは、特務機関NERV（ネルフ）本部にて中央作戦指令部作戦第一課に所属しているオペレーター。階級は二尉。作戦司令室では主に作戦立案や情報分析、通信を行っている、黒縁眼鏡とオールバックの髪型が特徴の男性です。

人類補完計画が発動し、日向マコトの前に綾波レイの幻影が現れます。しかし次第に綾波レイだった幻影の姿は日向マコトの想い人であるミサトの姿に変化していきました。そしてミサトの幻影にキスされたかと思うとその瞬間に日向は生命原初の姿・LCLの液状と化したのでした。

生年月日：5月5日

青葉シゲルとは、ネルフ本部所属のオペレーターです。主に通信と情報分析を担当しており、使徒との戦闘ではエヴァや本部施設のモニタリングと戦況のアナウンスを行う。肩にかかる程度のロン毛と鋭い目つきが特徴のやせ形の男性です。

人類補完計画の発動により、人々達はエヴァンゲリオンパイロットたちが乗るコクピットの中を満たす液体『L.C.L』へと体が変形していきます。その際、L.C.L化していく人々の前にはそれぞれの大切な人の幻影が現れますが、青葉の前には綾波レイの幻影が現れ、彼女のその不気味な笑みを見た青葉シゲルは悲鳴を上げながら死んでいきます。

生年月日：2001年12月26日
身長：165cm

鈴原トウジとは、新世紀エヴァンゲリオンシリーズの登場人物で主人公シンジのクラスメイト。関西弁が特徴で、常に黒いウィンドブレーカーを着用している。エヴァパイロットであるシンジに当初は反感を抱いていたが、彼の苦労や覚悟を知って和解する。その後は同じくクラスメイトの相田ケンスケと共に「3バカトリオ」として親しく付き合うようになります。

トウジはエヴァ3号機の起動実験の際のパイロットに選ばれますが、起動実験の前日にはシンジにエヴァに乗ることの恐怖を吐露しています。実験結果は最悪の展開に。エヴァ3号機は第9使徒バルディエルに侵食され暴走してしまいます。初号機がそれを迎撃するように命令をされますが、パイロットのシンジは3号機パイロットがトウジであることを知っていたのでそれを拒否。抵抗をみせるのですが、指示系統をダミープラグに切り替えられてしまい、抵抗することもできずに初号機は3号機を破壊。パイロットであるトウジも死んでしまいます。結果、シンジがトウジを殺してしまう形に視聴者は衝撃を受けました。

加持リョウジは、特務機関ネルフに所属する諜報員で、後ろで束ねた長髪に無精髭、咥え煙草がトレードマークの伊達男で、飄々としたプレイボーイです。しかしその真の姿は、ネルフとその上位組織であるゼーレ、日本政府を股にかけて暗躍する三重スパイです。

隠されたセカンドインパクトの真実を知るため独自行動を取るも、真相に近づきすぎてしまったためにゼーレに疎まれる。そして近々自分が始末されるであろうことを察してミサトに情報の詰まったカプセルを渡した。その後、ゼーレの命令でネルフ副指令冬月コウゾウを拘束するも、独自の考えで解放した。その行為をゼーレへの裏切りとみなされ、何者かの手によって突然射殺されるというあっけない終わり方となり、その後死亡についての深い描写も特にされていません。

生年月日：1985年11月21日

特務機関NERV（ネルフ）本部にて技術開発部技術局第一課に所属する女性。E計画の中心人物としてEVAの開発に携わっており、スーパーコンピューター「MAGI」の管理も任されている。同僚の葛城ミサトと加持リョウジは大学時代からの友人。直属の部下である伊吹マヤからの信頼は厚く、尊敬や憧れ以上の同性愛に近い憧れを抱かれている。

ゼーレがネルフのシステムにハッキングを仕掛けてきた時に拘束が解かれ、MAGIにプロテクトをかけて侵入を阻止します。そして戦略自衛隊にネルフ本部が襲撃されている最中にセントラルドグマ最深部でゲンドウを待ち構え、MAGIを自爆させて心中しようとします。しかしMAGIの中にあった「ナオコの女としての人格」が自爆を拒否した事で心中は失敗。最後の最後でMAGIの中のナオコに裏切られてしまい、ゲンドウに「赤木リツコ君。君は本当に………」と言葉をかけられた後で「嘘つき」と返し、彼に撃たれ、リツコはその衝撃で赤い水の中に吹き飛ばされ最後を迎えます。

生年月日：1967年4月29日
役職：特務機関NERV最高司令官

碇ゲンドウとは、新世紀エヴァンゲリオンの登場人物で、特務機関ネルフの最高司令官。主人公碇シンジの実父であり、彼をエヴァパイロットにするためネルフ本部に呼び出した張本人です。

碇ゲンドウの最後は新世紀エヴァンゲリオンの劇場版「まごころを君に」で判明しました。碇ゲンドウの真の目的がゼーレにバレてしまいゼーレからNERVに兵士を送り込まれ、激しい戦いが繰り広げられます。激しい戦いが繰り広げられる中でも碇ゲンドウは自分の目的、妻ユイとの再会を果たそうと奔走します。しかし、最後まで従順だったレイから私はあなたの人形じゃないという言葉を耳にします。レイと融合しようとしていた右腕を損傷し、碇ゲンドウの身体はボロボロになり精神的ショックを受け倒れてしまいます。目を覚ました碇ゲンドウが見たものは、倒れた自分を見つめるユイの姿でした。念願が叶いユイと話をしていると、初号機につかまれ、そのまま食われるという衝撃的な最後を迎えます。頭を食われるという残酷な死亡シーンに多くのファンが衝撃を受けました。