斎王に乗り移っていた黒幕とも言える破滅の光は斎王を倒した事で退ける事はできたものの、光の波動の影響を受けてしまったユベルの暴走から3期の事件が引き起こされています。破滅の光自体がキャラクターではなく、超自然の概念的な存在、世界を滅ぼす運命そのものかの様に描写されています。

DDとは、アニメ「遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX」の登場人物です。10年もの間頂点に君臨したプロデュエリスト。作中では「Destiny of Duelist」と紹介されており、名前のDDの由来はここからかと思われる。父を殺害され身寄りがなくなったエド・フェニックスの後見人となり、彼をプロデュエルの世界へ導きました。

影丸は、遊戯王デュエルモンスターズGXのキャラクターです。デュエルアカデミアを創設した理事長で、100歳を超えています。セブンスターズの首魁であり、事件の黒幕。デュエルアカデミアを創設した目的は三幻魔の眠りを目覚めさせる為にデュエリスト育てていた。そして、時が来た時に生命維持装置のタンクに入った姿で遊城十代達の前に現れて、十代とデュエルを始めます。三幻魔を召喚して十代を圧倒させた。復活した三幻魔の能力で世界中のデュエルモンスターズの精霊を吸収、若返り姿を取り戻し巨大なタンクを放り投げるほどの怪力を見せつけました。

ジム・クロコダイル・クックとは、アニメ『遊戯王GX』のキャラクターで、融合素材を相手の墓地から選択するという化石（フォッシル）融合デッキを使用します。幼少時にカレンを救う為に怪我を負った為右目を包帯で覆っている。そして、その失った右目にはオリハルコンの眼がはめられており、かけがえの無い友を救う為にその力を発揮します。

オースチン・オブライエンとは、『遊戯王GX』のキャラクターで、魔法、罠、モンスター効果を主軸とし相手のLPを削るヴォルカニック・バーンデッキを使用。「ガンディスク」と呼ばれる、カード射出機能とカメラを搭載した銃型のデュエルディスクを使用します。

天上院吹雪は、遊戯王GXの登場人物で、デュエル・アカデミア内にファンクラブが出来ているほどの人気者です。端正な容姿とは裏腹に、かなりのお調子者で自惚れな性格だが、デュエル技能は高く、かつては親友の丸藤亮のただ一人のライバルと呼ばれていました。

各地のデュエル大会で未だ無敗という紫色の髪の毛で、セーターと半ズボンが特徴的なキャラクターです。「奇跡の天才少年」の異名を取る。理詰めのレベッカに比べると、誰もが驚く斬新な発想を持ち合わせる金の卵と評されています。

レベッカ・ホプキンスは、12歳にしてデュエルモンスターズ全米チャンプ、大学生、ハッキングまでこなす天才少女です。初登場時は「シャドウ・グール」を中心としたロックデッキ、再登場以降は「サファイア・ドラゴン」などの宝石の名前が入ったドラゴン族と、「堕天使マリー」「ビッグバン・ガール」などのキュアバーンのギミックが入ったデッキを使用しています。

ダイナソー（恐竜族）デッキを使うデュエリストで、西日本代表の全国大会準優勝の実力者です。後に城之内の象徴とも言えるカードである真紅眼の黒竜の元の所有者でもあります。ニット帽とベストを常時着用しており、ワイルドな風貌をしている。そのパワフルで高い攻撃力を持つ恐竜族デッキを主に使用する事からダイナソーの肩書きを持ちます。

ドーマ編で登場したアニメオリジナルキャラクターで、インセクター羽蛾、ダイナソー竜崎の前に現れてデュエルに勝利し、2人の魂をカードに封印しました。その後、工事中のビルの上で闇遊戯とデュエル、ドーマ編で最初にデュエルを行ったデュエリストでもあります。

大門小五郎（ビッグ5）とは、『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ』のキャラクター。ビッグ5の最後の刺客として海馬とデュエルを行います。デッキマスターは「人造人間-サイコ・ショッカー」で、相手フィールド上の罠カードの効果と発動を無効にし破壊するという原作版のサイコ・ショッカーの効果をデッキマスター能力として持ちます。

大下幸之助（ＢＩＧ１）とは、『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ』のキャラクターで、「妖怪」とも呼ばれる企業買収のスペシャリストです。デッキマスターは「深海の戦士」。自分モンスターが攻撃対象になったとき、自分フィールド上のモンスター2体を生贄に捧げることで攻撃を無効にしそのモンスターの攻撃力分のダメージを相手に与えるという効果を持ちます。

バトルシティ編にて初登場したエジプト人の少年。通称「ナム」。遊戯を殺し、自分が王になる為にバトルシティで暗躍します。トーナメントでの城之内とリシドのデュエルの際にリシドをマリクに仕立て上げる為、彼にラーの翼神竜のコピーカードを使わせるが、それがラーの逆鱗に触れた為にリシドが昏睡状態に陥ります。

ホセ・ルチアーノ・プラシドがひとつに超融合した事により登場した三皇帝の本当の姿です。ホセのG（グリーフ）・ヘカトンケイル、ルチアーノのA（アンバー）・ケツァルカートル、プラシドのT・666（テリブル・オーメン）が合体した巨大D・ホイール「T（トリニダード）・ウロボロス」と接続（正式名称「アポリア無双態」）後、機皇神マシニクル∞3を召喚し、チーム5D'sと一進一退の攻防を繰り広げるも最後はシューティング・スター・ドラゴンの一撃を食らい敗北しています。

パラドックスとは、『劇場版遊戯王～超融合!時空を超えた絆』に登場するキャラクターで、未来からやって来た決闘者です。自身の住む未来では世界が崩壊しており、その原因がデュエルモンスターズにあると考えた為、創始者であるペガサスを抹殺してデュエルモンスターズの存在を消去しようと企みます。

斎王琢磨は、「遊戯王デュエルモンスターズGX」の登場人物です。タロット占いにより運命を見通す不思議な力を持つ占い師であり、エドのマネージャーを兼ねる人物として登場。アカデミアで開催されたデュエル大会・ジェネックスにおいて、ミズガルズ王国の王子・オージーンに勝利し、レーザー衛星「ソーラ」を手に入れ、世界の破滅を目論みます。

猪爪誠はサイバー流とほぼ同時にできた流派サイコ流を操る男で、サイコ流を主流流派にすべく、サイバー流を倒してきました。サイバー流元師範の鮫島を倒し、サイバー流継承者「丸藤亮」をターゲットにします。

プロフェッサー・コブラは、遊戯王GXの登場人物で、遊戯王GXでユベルの手駒としてアカデミアの教師になった男性です。彼とのデュエルは十代の心に大きな影を落とし、その十代の無責任と無自覚も最悪の形で証明され、後に覇王となるきっかけにもなりました。

クロノス・デ・メディチは、アニメ『遊戯王GX』の登場人物で、教師です。オベリスク・ブルー男子寮長であり、実技担当最高責任者で、暗黒の中世デッキを使用しています。戦闘中相手の魔法・罠を全てシャットアウトするアンティーク・ギアの能力を活かし、圧倒的なパワーで相手を粉砕します。

エド・フェニックスは、遊戯王デュエルモンスターズGX（アニメ）及び遊戯王GX（漫画）の登場人物で、プロリーグに在籍するデュエリストです。E・HERO及びネオスペーシアンを主に使う主人公の遊城十代に対し、父のデザインしたヒーロー、D-HEROを使用しています。

丸藤亮は、遊戯王GXに登場する人物で、デュエル・アカデミアを卒業したプロデュエリストです。学園中随一のデュエル技能を持ち、優れた人格者であったことから学生間では「デュエル・アカデミアの帝王（カイザー）」「カイザー亮」と呼ばれています。主人公である遊城十代を倒すほどの実力者であり、学生時代最後に行った卒業記念模範デュエルでも引き分けになり、最後まで十代に敗れることはありませんでした。

丸藤翔は、「遊戯王GX」に登場する人物で、機械族で構成する、乗り物モンスター群デッキであるビークロイドを使用、コンボ性が高く、トリッキーな戦い方ができます。また、兄の亮から受け継がれたデッキ、サイバー・ダークを使用、墓地のドラゴン族モンスターを装備して、高い戦闘能力を誇ります。

万丈目準は、『遊戯王GX』に登場する人物で、オベリスク・ブルーの優等生で遊城十代のライバルです。アニメ版ではデュエルの度にデッキを換えており、エースモンスターも複数存在する。初期から使っているのは『地獄』と名の付くカードで構成されたデッキやVWXYZデッキです。

覇王竜とは、『遊戯王ARC-V』に登場する特定のモンスターの総称です。エクストラデッキのモンスターでありながら、ペンデュラムモンスターの側面という特殊な性質を持ちます。榊遊矢が使用するオッドアイズ・ペンデュラム・ドラゴンが同じく四天の龍であるダーク・リベリオン・エクシーズ・ドラゴン、クリアウィング・シンクロ・ドラゴン、スターヴ・ヴェノム・フュージョン・ドラゴンのそれぞれとエクシーズ召喚・シンクロ召喚・融合召喚を行う事で得た新たな姿です。