原生生物のオオガスミは、5つの目のようなものと、骨や髪が体についています。また、力場を感じ取る器官も備わっており、動きも素早いです。体の全体部分は液体のようなもので構成され、自由自在に動くことができます。戦いのシーンでは、敵に密着して体を溶かし、捕食するような戦術を使っていました。オオガスミはしつこい性格で、縄張り意識も強く単独行動を好むようです。

ガブールンは、深界六層・還らずの都に存在するロボットです。第5話「秘匿」で、ファプタと別れ、村へ戻ろうとするも道に迷ってしまったレグを、原生生物のリュウサザイが執拗な攻撃を浴びせ、苦戦を強いられていたレグを助け出しています。

深界四層に生息する生き物で、顔にボウリングの玉のような器官があり全身が白く大きな針で覆われた姿をしています。侵入者は容赦無く排除する非常にどう猛な性格であり、動きは俊敏で足が浸かる深さの水場でも衰えません。しかも全身の針には猛毒があり、これを正面に向けて突進してきます。

全長50mにも達するアビス最大の鳥。七層以深に巣を持つとされ、上昇負荷をまるで意に介した様子がない。力場をとらえる翼膜によって、この巨体にも関わらず優れた飛行能力を有しています。上層へ狩りに出かけることもあり、地上近くで目撃されたりする。現状判明している原生生物の中では最も深いところから来ている存在であり、危険度や戦闘力もそれ相応に凄まじいことが予想されます。

本来は深界六層に生息するといわれる羽虫。トコシエコウの葉に化け寄り添う生物を襲い「幼体」を植え付け苗床にし、頭を侵し幼体の餌とする恐ろしい原生生物で、トラウマ級の恐ろしさを持ちます。

同居人であるナナチと共に、深界4層の隠れ家に住んでいました。ミーティは、ナナチと同じ「成れ果て」と呼ばれる存在。その見た目は、人とは程遠くかといって獣ともいえない、なんとも形容しがたい異形のもの。ボンドルドの上昇負荷実験によって不死身となります。

ハボルグは、黒笛を持つ探窟家の一人で、面倒見の良い巨漢の男性です。黒笛の中でもかなりの実力者で、体躯に似合わない程に探窟速度が非常に速く、レグの腕を使った降下速度にもあっさり追い付いてしまう程。また指揮能力にも優れているようで、合同大探窟が行われる際には総隊長を務めています。

リコとは、漫画「メイドインアビス」の主人公で、金髪のツインテールとでこ出しヘアスタイル、眼鏡が特徴。友人に「デコメガネ卿」の二つ名を頂戴しています。作中世界における英雄「白笛」のライザを母に、彼女が率いる探窟隊のメンバー・トーカを父に持ちます。アビスの原生生物や遺物に関する幅広い知識を持ち、特に遺物は、今までに世に出回ったことのある遺物のリスト「遺物目録」を丸暗記しているほど。記憶力だけでなく応用力、観察力にも優れており、事前知識が及ばない事態であってもアドリブの対処で切り抜けることができます。