小学6年生の玉依シイナは小学校最後の夏休みに祖父母の住む島に行き、海で溺れかけたところを星の形をした変わった生き物『ホシ丸』に助けられる。
ホシ丸は少年少女の意識とリンクし、変幻自在の能力を発揮する「竜の子」の一体であった。他の「竜の子」の持ち主（リンク者）との出会いのエピソードを挟みながら、シイナは「竜の子」を用いて世界をリセットしようとするリンク者たちの戦いに巻き込まれていく。
リンク者たちの中心人物である直角と鶴丸はそれぞれ世界の破壊と存続をかけて戦っており、その戦いのキーパーソンが地球そのものを形作る二匹の龍とリンクする涅とシイナであることが判明する。

時は2071年。宇宙開拓時代を迎えた人類は太陽系内に生活圏を広げており、悪化する治安への対策として、指名手配犯を捕まえる賞金稼ぎ、いわゆる「カウボーイ」たちが活躍している。カウボーイ稼業を営むスパイク・スピーゲルと相棒のジェット・ブラックは、古い漁船を改造したオンボロ宇宙船「ビバップ号」に乗り込んで宇宙を駆け巡っている。大物の賞金首を捕まえることもある一方、その荒っぽいやり方に巻き込んだ一般市民からの損害賠償請求も多い彼らに金銭的余裕はない。

そんなビパップ号に奔放な美女フェイ・ヴァレンタイン、天才ハッカーのエド、犬のアインが転がり込む。おのおの何かしらの事情を抱えながらも、一同はビパップ号で緩やかな絆を育み、行く先々で様々な騒動に巻き込まれる。

主人公のカミーユは、ティターンズの士官といさかいを起こし連邦軍が開発していた新型のガンダムMk-IIを奪取してエゥーゴに合流する。やがてニュータイプとしての才能を開花させた彼は、Zガンダムのパイロットとして戦争の渦中に巻き込まれてゆく。

東北地方の山奥にある熊出村。その山の上にある熊出神社の巫女として仕える中学生の少女・まちは、都会の高校に進学することを決意する。しかし、ずっと山奥で暮らしていたために田舎コンプレックスを抱え、さらに極度の機械オンチであるため、クマのナツは反対する。まちは都会へ出るためにナツが与える試練へ挑戦しつつ、熊出村で巫女としての役目を果たして行く。少し変わった非日常的な田舎暮らしの日々を描く、スローライフストーリー。

1770年春。オーストリア帝国・ハプスブルグ家の皇女マリー・アントワネットは14歳でフランスのブルボン家に嫁いできた。
王太子妃を護衛する近衛士官オスカル・フランソワ・ド・ジャルジェは由緒ある将軍家の末娘でありながら、後継ぎとして剣も学問も修め、軍人として育てられた男装の麗人だった。
異国の宮廷で孤独を深めるアントワネットはパリ・オペラ座の仮面舞踏会でスウェーデンの貴公子フェルゼン伯爵と知り合い、アントワネットだけでなくオスカルも恋に落ちる。3人は共に18歳。運命の出会いの夜だった。