プラント最高評議会議長 ギルバート・デュランダルとの非公式会見の為、新造艦ミネルバの進水式の準備が進むアーモリーワンを訪れたカガリとアスラン。
だがその最中、ザフト軍が開発した新型MS（モビルスーツ） カオス、ガイア、アビスが何者かに強奪され、周囲は混乱に陥る。これを阻止すべく、ミネルバからも新型機インパルスが出撃。そのパイロットは、プラントに渡り、エリートとしてザフト軍に入隊したシン・アスカであった。
新型機を強奪した謎の部隊を追い、ミネルバは出撃するが混乱の中、安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球に落下し始めたという報せが入る。それはナチュラルへの憎しみを募らせ続けるザフト軍脱走兵達の仕組んだもので、この事件を利用しようとする者達も動き始め、世界は再び混乱と戦火に包まれるのだった…。

ジオン公国軍に勝利した地球連邦軍は増長しコロニーに対し再び支配と圧力を強めていた。やがて、地球連邦軍内部に「ジオンの残党狩り」を名目にスペースノイドへの強権的制裁を加えるエリート部隊「ティターンズ」が創設された。ティターンズはその思想を背景に急速に勢力を拡大させていき、これに反発する一部の連邦軍人やスペースノイド達は反地球連邦政府組織「エゥーゴ」を結成する。やがてエゥーゴがティターンズの拠点、「グリプス（グリーンノア）」を襲撃しコロニーの住民カミーユ・ビダンはその戦闘に巻き込まれていく。

枯渇してしまった化石燃料の代わりに、3基の軌道エレベーターと太陽光発電システムを巡り、各超大国群は己の威信と繁栄のため、大いなるゼロサム・ゲームの中、熾烈な戦争を続ける日々にあった。そんな終わりのない戦いの世界に謎の私設武装組織「ソレスタルビーイング」（CB）が現れる。「武力による戦争の根絶」を掲げるこの組織は、世界から戦争をなくすため人型機動兵器「ガンダム」による武力介入を始める。果たして、平和の為の武力行使という矛盾の先には、何があるのか――破壊による再生が今、始まる…。

宇宙世紀0093年。旧態依然としてスペースノイドに弾圧を続ける地球連邦政府や依然地球にしがみつく人々の存在に絶望した、シャア・アズナブルは、ネオ・ジオン軍総帥となり、人類の粛正を目論む。
それを察知した、かつてのホワイトベース艦長 ブライト・ノア、シャアの最大のライバルであったエースパイロット アムロ・レイ率いる地球連邦軍 ロンド・ベル隊は、孤立無援の状態の中、最後の決着をつけるべく、小惑星要塞 アクシズを巡る戦いに向かう。

人類は増え続ける人口のため、半数が月軌道周辺にあるラグランジュ点に浮かぶスペースコロニー群（サイドと呼ばれる）に居住していた。その中で地球に最も遠いコロニー群サイド3はジオン公国を名乗り、地球連邦からの独立を求め、人型機動兵器「MS（モビルスーツ）」を駆使して独立戦争を挑んできた。開戦から僅か1ヶ月あまりで双方の陣営は総人口の半分を死に至らしめた。そんな中、サイド7に住む少年アムロ・レイは、地球連邦軍が進めていた「V作戦」に対する調査のためサイド7に侵入したジオン軍MS ザクの攻撃に巻き込まれ偶然が重なり、連邦軍の新型MS ガンダムのパイロットになってしまう。

C.E.71年、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、中立国オーブのコロニー・ヘリオポリスで平和に暮らしていた。しかし、このコロニー内では連合軍による5機のMSの開発と新造戦艦の建造が極秘裏に行われており、その情報を得たザフトのクルーゼ隊は独断で奪取作戦を開始する。日常は一変しコロニーは戦場へと変わり果てた。キラは逃げ惑ううちにMS工場へと辿り着き、連合兵とザフト兵の激しい銃撃戦に鉢合わせしてしまう。その中には、幼少の頃の親友のアスラン・ザラがいたのだった。