“自分の国を持つ”という大きな野望を持つグリフィスは絶対的な力を持つ「ゴッドハンド」の五人目の守護天使となることと引き換えに自分が最も大切にしていた者たちを生贄に奉げた。生贄の儀式の生き残りでありグリフィスの片腕であったガッツは身の丈を超える巨大な剣を持つ「黒い剣士」となり、仲間を裏切って無残に殺したグリフィスへの復讐のために世界を旅する。そのころ世界では大国ミッドランドを覆う不穏な影と東方の大帝国クシャーンの侵攻により大戦争が勃発し、”蝕”による使徒の増加もあいまって世界は混迷を極めていく。

クラスの美少女・佐伯奈々子に密かに想いを寄せる春日高男。ある日の放課後、出来心により彼女の体操着を盗んでしまうが、その様子は嫌われ者の女子・仲村佐和に目撃されていた。窮地に陥り、仲村からの無茶な要求に翻弄される中、意外なきっかけから佐伯と付き合うことになり、春日は恋心と背徳の自己矛盾に苛まれる。そんな彼に呼応するかの如く、佐伯も内に秘めた意思を徐々に示すようになる。

現実社会の閉塞感に自己認識を見出せず、遣る瀬無い自我を抱える3人の中学生のアイデンティティは互いに交錯し、儚い逸脱へと向かっていく。

1945年（昭和20年）9月21日、清太は省線（現在のJR神戸線）三ノ宮駅構内で、14歳の若さで衰弱死した。清太の所持品は錆びたドロップ缶。その中にはわずか4歳で衰弱死した妹・節子の小さな骨片が入っていた。駅員がドロップ缶を見つけ、無造作に草むらへ放り投げていった。地面に落ちた缶からこぼれ落ちた遺骨のまわりに蛍がひとしきり飛び交い、やがて静まる。

太平洋戦争末期、兵庫県武庫郡御影町（現在の神戸市東灘区）に住んでいた清太とその妹・節子は6月5日の神戸大空襲で母も家も失い、父の従兄弟の嫁で今は未亡人である兵庫県西宮市の親戚の家に身を寄せることになる。

帝国の圧政によって貧困に喘ぐ村の少年剣士・タツミは、幼馴染みのサヨ・イエヤスと共に村を救うため帝都へ出稼ぎに出発するも、夜盗の襲撃に遭い散り散りになってしまう。

なんとか帝都に辿り着いたタツミだったが、待ち受けていたのはある女性による詐欺だった。
有り金全部を騙し取られて途方に暮れていたタツミだったが、通りすがった貴族の少女アリアに助けられ彼女の家に招かれる。
そして彼女の両親に軍へ士官の口添えして貰えることになり、それまではアリアの護衛を引き受ける事になったタツミ。
彼女に付き添い買い物に出かけた際、帝国の腐敗の原因が大臣であること、また最近帝都の重役や富裕層の人間を狙う恐るべき殺し屋集団がいることを知らされる。

「午前零時にだけアクセス出来るホームページ『地獄通信』にはらせぬ怨みを書き込むと、地獄少女が現れて憎い相手を地獄に流してくれる」

そんな噂を信じた恨みを持った人間が「地獄通信」に書き込むと、その瞬間、依頼者の前にセーラー服を着た長い黒髪に赤い瞳の少女が現れる。
彼女は依頼主に契約の証である藁人形を渡すが、その代償として自分自身も死後は地獄で永遠に苦しむことになると告げる。依頼者はその糸を解いて怨みをはらすのか、それとも思い直して踏み留まるのか、葛藤の中で決断を迫られることになる。

周囲に関わろうとせず「傍観者」であることを望む中学2年生の少年・天野雪輝は、見聞きした全てを携帯電話の日記に付けていた。友人と呼べるのは、自分の空想した人物、時空王「デウス・エクス・マキナ」と彼の小間使い「ムルムル」だけである。

ところがある日、自分がまだ体験していないはずの未来が日記に書かれるようになる。それは空想のはずのデウスの仕業だったのだ。未来を知ることで調子に乗り、有頂天になる雪輝。しかしその後、同じように「未来日記」を持つ人間が自分を含め12人いることと、その12人による次期時空王の座をかけた殺し合いのサバイバルゲーム（内容的にはバトルロワイアル戦に等しい）が開かれていることを知る。

都会から遠く離れた山奥にある寒村、雛見沢。人口2千に満たないこの村に、最近都会から引っ越してきた前原圭一。明るくて話上手な圭一は、学校でもすぐに周りのクラスメートと仲良くなった。一番の仲良しで世話好きなレナ、リーダー格で委員長の魅音、トラップの達人で下級生の沙都子、古手神社の娘であり、不思議な雰囲気の持ち主の梨花・・・仲間との他愛のない日常を過ごしていた。それは、永遠に続くかに思えた。毎年6月に行われる祭、「綿流し」。そう、その日も楽しい一日になるはずだった。雛見沢にまつわる、ひとつの謎を知るまでは・・・。祭りの日に、繰り返される惨劇。毎年、一人が死に、一人が行方不明になるという、数年前から始まる連続怪死事件。事件の真相は？ 犯人は？ 圭一は、好奇心から村の闇へと足を踏み入れてしまう。

小学6年生の玉依シイナは小学校最後の夏休みに祖父母の住む島に行き、海で溺れかけたところを星の形をした変わった生き物『ホシ丸』に助けられる。ホシ丸は少年少女の意識とリンクし、変幻自在の能力を発揮する「竜の子」の一体であった。他の「竜の子」の持ち主（リンク者）との出会いのエピソードを挟みながら、シイナは「竜の子」を用いて世界をリセットしようとするリンク者たちの戦いに巻き込まれていく。

ベクターと呼ばれる目に見えない複数の腕を駆使して、暴虐の限りを尽くす突然変異体の少女ルーシーと、それを追う者達の人智を越えた闘い。
脱走時の怪我によって幼児化してしまい、にゅうと名付けられたルーシーのちょっとアブナイ可愛らしさ。 にゅうを拾ったために、
恐ろしい陰謀に巻き込まれていくコウタ、そして同居中の従妹ユカ。若い二人の揺れ動く想い……。

山間部に位置する平穏なスタカット村。大きなバイオリンを持った青年・ハーメルと幼なじみの少女フルートは幸せに暮らしていたが、村の星祭りの直前、魔族に襲われ倒れていた魔法王国スフォルツェンド公国の使者を「よそ者には関わらない」という村の禁忌を破って助けたことで、穏やかな日々は終わりを告げる。

実はフルートの正体は聖なる血筋を受け継ぐスフォルツェンド公国の王女であり、スタカット村は15年前に女王ホルンの命令で生まれたばかりのフルートを魔族から守るため、スフォルツェンドの忠臣達が法力で外界との間に結界を貼って作ったまやかしの世界に過ぎなかった。そして、ハーメルの頭に突然現れた角は結界に綻びが生じた印だったのである。

そして星祭りの夜、スタカット村に侵入した魔族に襲われて村人は全滅。燃え盛る村を後にしたハーメルとフルートはスフォルツェンドを目指して旅に出るが、ハーメルの13年前に失われた記憶の謎と共に不穏な空気を醸し出していく。そして、それは二人の途方もない過酷な運命、そして「終わりなきひとつの道」の始まりだった――

夏休みに自然学校に参加した少年少女15人は、海岸沿いの洞窟でココペリ と名乗る謎の男に出会う。子供達は「自分の作ったゲームをしないか」とココペリに誘われる。ゲームの内容は、「子供達が無敵の巨大ロボットを操縦し、地球を襲う巨大な敵を倒して地球を守る」というもの。兄のウシロに止められたカナを除く14人は、ただのコンピュータゲームだと思い、ココペリと契約を結ぶ。その晩、黒い巨大なロボットと敵が出現する。ロボットの中のコックピットに転送された子供達15人の前には、ココペリと、コエムシと名乗る口の悪いマスコットが待っていた。これが黒いロボット・ジアースの最初の戦いであった。戦闘を重ねるにつれ、子供達はゲームの真の意味を目の当たりにすることになる。

平凡な日々。
その平凡な日々を生きる松谷修造（通称シュウ）は少女、ララ・ルゥに偶然出会う。不思議な色の瞳を持つララ・ルゥになぜか興味を惹かれるシュウは自分の事、町の事を喋る。とそんな時、二人の前に奇怪な機械が現れ、ララ・ルゥを襲った。訳も分からず、ララ・ルゥを連れて逃げるが、機械に指示を与えている女、アベリアの取り出した端末が作動して、シュウは５０億年後の未来へタイムスリップしてしまう。そこはシュウが生きていた平凡な日常とは違い、戦争が日常となっている世界だった。

女子高生・松坂さとうは「愛」という感情を理解できず、男遊びを繰り返す虚しい生活を送っていたが、幼い少女・神戸しおと出会ったことで本当の「愛」を知る。さとうはしおに外に出ないよう言いつけ、二人きりの生活のためアルバイトに励む。しかし街には行方不明のしおを探すビラが貼られていた。

さとうにつきまとう教師・北埋川大地。ビラを見てしおに執着するようになった三星太陽。懸命に妹を探す神戸あさひ。「愛を偽らなければ何をしてもいい」と考えるさとうは、しおとの「ハッピーシュガーライフ」を守るためにあらゆる手段を講じていく。