大学を中退して4年目の佐藤達広は、ひきこもりとなっていた。佐藤は、自分が大学を辞め、無職でひきこもりであることなど全てが、謎の巨大組織の陰謀であると妄想する。その組織の名はNHK（日本ひきこもり協会）。

そんな折、中原岬と名乗る謎の美少女が佐藤の前に現れる。佐藤をひきこもりから脱却させるべく、岬は「プロジェクト」の遂行を宣言。その「プロジェクト」の目的が不明のまま、岬による佐藤のカウンセリングが始まる。

商社マンの岡島緑郎は東南アジアへ出張中に海賊まがいの運び屋「ラグーン商会」に誘拐される。しかし、自分の会社にあっさり見捨てられた岡島は“ロック”として「ラグーン商会」の一員となり、紺碧の南海を駆け抜けていく！

自宅で日々オンラインゲーム「BTOOOM!」に没頭していた坂本竜太は、世界ランキング10位の日本人プレイヤー「SAKAMOTO」として注目される存在で、運営会社ティラノスのデバッグをしていた。定職に就かず、引きこもり同然の彼を持て余した母親は、ティラノスから送られた用紙に息子の名前を書いて、自らは自殺未遂を図る。

ある日竜太は、南海の孤島のジャングルで目を覚ます。そこにいる理由も分からぬまま、竜太は同じく島へ連れ去られて来た人々との、効果の異なる8種類の爆弾「BIM」を駆使した、リアル版「BTOOOM!」による殺し合いを強いられることになる。各プレイヤーの左手に移植された「ICチップを8つ」奪うことでゲームクリアを目指すルールにより、32人のプレイヤーのうち最大4人しか生還できない熾烈なゲームであった。

1998年、春。父の不在や自身の病気療養のため、母の実家に身を寄せ夜見山北中学校に転入してきた榊原恒一は、何かに怯えているようなクラスの雰囲気に違和感を覚える。彼は、クラスメイトで不思議な存在感を放つ少女・見崎鳴に惹かれる。だがクラスメイトの反応から、彼女は恒一には見えて、他のクラスメイトには見えていないのでは無いかと感じる。そんなある日、あるクラスメイトが凄惨な死を遂げ、3年3組が直面している現実を知らされるのであった。

コミュニケーション用コンピュータネットワーク端末「NAVI」（ナビ）が普及した現代、中学生の岩倉玲音は、死んだはずの四方田千砂からのメールを受け取る。

その日以来、玲音は見えないはずのものを見るようになる。四方田千砂のメールの言葉に興味を持ち、大型の「NAVI」を手に入れるが、それ以来さらに奇怪な事件に巻き込まれていく。

物理世界（リアルワールド）と電脳世界（ワイヤード）、二つの世界・二人の玲音（lain）が混濁し錯綜する果てにあるものは?－人は誰しも“繋がれて”いる－・－私は遍在する－

「鳴海孝之」は、受験を控えた高校３年生。しかし、勉強に身も入らず、他にやりたい何かを見つけることもできないままに日々を過ごしていた。親友である「平慎二」や「速瀬水月」は勉強や水泳に打ち込んでおり、軽い疎外感を感じずにはいられなかった。そんな彼の前に、一人の少女が現れる。

占い師だった亡き母に憧れタロットカードに夢中な日々をおくる太陽あかり、12歳

伯父夫婦と従姉妹の４人で暮らす平穏な日常に、それはゆっくりと忍び寄る

ある夜、就寝中のあかりを魔物が襲う
苦しみもがく中、タロットカードが宙に舞い、あかりは異空間に入り込む

手に握られた剣
煌煌と輝く太陽のタロットカード
その瞬間、世界が真っ白になり……

……覚醒したあかりが連れて来られたのは、
セフィロ・フィオーレというタロット使いたちの育成機関だった

激しい闘いの日々の中で、
少女たちは戸惑いながらも、自分の運命と向き合っていくが……

2012年7月21日、土曜日。夏休み初日、中学1年生の小野沢未来は、弟の悠貴のお守りとして、一緒に東京のお台場へロボット展を見に来ていた。最近何かとイライラしていた未来は、「こんな世界、こわれちゃえばいいのに」とインターネットに書き込む。

その時、マグニチュード8.0の海溝型大地震が発生し、地面が揺れた。レインボーブリッジの崩壊、東京タワー倒壊など、東京が大きな被害を受けている中、未来と悠貴はお台場で出会ったバイク便ライダー日下部真理と共に、自宅のある世田谷へと歩みを進める。その中で未来は、一体何を見て何を感じ、どう成長していくのか...

北海道のある街で暮らすシュウジとちせ。ちせは以前から好意を抱いていたシュウジに告白、そのぎこちない交際は交換日記から始まり、二人は静かに愛を深めていく。

しかし、ある日、謎の「敵」に街が空襲される。戦火から逃げるシュウジが見たのは、腕を巨大な武器に変え、背から鋼鉄の羽根を生やし「最終兵器」と化して敵と戦うちせの姿であった。

戦争が激化していくにつれ、ちせは力が暴走していき、肉体も精神も人間とはほど遠いものとなっていく。

悪魔退治を専門に扱うマグダラ修道会のシスターロゼットと、その付き人の少年クロノは「悪魔祓い」と呼ばれるプロフェッショナル。合衆国の外からいろいろなモノに取り憑いて侵入しようとする悪魔を阻止すべく、数々の冒険を繰り広げる。腕利きの二人だが、事件のたびに周囲に甚大な被害を及ぼすのがタマにキズ。ロゼットは悪魔が引き起こした事件によって、幼い頃に生き別れになった弟・ヨシュアを探している。そのために修道会に入り、エクソシストの訓練を積んだロゼットだが、彼とクロノには重大な秘密があった。クロノの正体は、ロゼットと｢懐中時計の契約｣で結ばれた悪魔。非常時にはロゼットによって封印を解除され、その強大な力を発現させる。だが、その代償として、ロゼットは、自分の「魂」を消耗させなければならない。それはすなわち、彼女の寿命が縮まる事を意味している。人間と悪魔でありながら、絶対的な信頼関係で結ばれている二人。だが、ヨシュアに再会できるまで、彼女の寿命は持つのだろうか……。

慶長十九年。齢七十三歳の家康は悩んでいた。暗愚の兄・竹千代か、聡明な弟・国千代か？
混乱を極める徳川三代将軍の世継ぎ問題に決着をつけるため、
甲賀を国千代派、伊賀を竹千代として忍法の二大宗家を相争わせ、
それぞれの精鋭十人対十人の忍法殺戮合戦の結果、どちらか生き残ったほうにそれを賭けるという厳命を下した。
先代服部半蔵との間に交わされた「不戦の約定」が解かれ、
手綱を解かれた猟犬のごとく、怨敵に挑んでゆく忍者達！
己の肉体こそが最大の武器！
人知を超えた秘術をもった、個性溢るる忍びの面々。
老若男女二十人二十色、超人奇人が相乱れ、
秘術の限りを尽くして繰り広げられる忍法争いがいま始まる！！

新任監視官として公安局刑事課一係へと配属された常守朱。朱の部下となるのは、監視官と同じくドミネーターを与えられながらも、犯罪を理解し予測することができるがゆえに高い犯罪係数を持つ執行官の狡噛慎也、征陸智己、縢秀星、六合塚弥生の4人。朱は初日から失態とも取られかねない異例の対処をしてしまい、もう一人の監視官である宜野座伸元から厳しい言葉を受けながらも、狡噛に励まされ成長を重ねていく。