ボトックスは眉間や目じり、エラのほか、ふくらはぎやワキなどさまざまなところに注入することがあります。どこの部位に注射するかによって、効果の現れ方が異なります。たとえば、表情ジワであれば注射してから3～7日ほどで効果が現れるでしょう。エラやふくらはぎの場合は3～4週間、多汗症対策のためにワキに注射した場合には3～7日ほどで効果を感じられるといわれています。

一般的には、注射後2～3日ほどで効果が現れ始め、2週間くらいたった頃に効果が安定するとされています。ただし、エラやふくらはぎなどは、まずはボトックスで筋肉の動きを止め、そこから筋肉を小さくしていく期間が必要です。見た目としての効果はすぐに実感できない部位もあります。このように、ボトックスを注入してから効果が現れるまでには一定の期間が必要となります。

一方、ボトックス注射をくり返していくと、効果の持続期間は長くなりやすいといわれています。人間の筋肉は動かさないでいると弱まり、小さくなっていく筋萎縮という性質があるため、ボトックスで筋肉の動きを止めることをくり返すうちに、効果が続きやすくなる傾向があるのです。

ボトックスの効果の出方や持続期間は、注入する量や注入部位のほか、筋肉の強さやシワの深さなどによって変わってきます。より効果を得るためにはボトックスを多く注入すればよいというわけではなく、適量を定期的に打つことが大切です。

上顔面は通常の笑顔となるよう筋肉が働いているのに対し、下顔面は筋肉がほとんど動かず、全体として見るととても不自然な印象の表情になっています。この変化は先のスポックブローの失敗に対し、日常生活への支障が大きいので特に注意が必要です。

一部の本では法令線を取るために小鼻の横にボトックスを打つ方法が記載されているものもありますが、その位置に打ってしまうと上口唇挙上筋、口角挙上筋、小頬骨筋にボトックスの効果が波及し、上唇部が外側から伸びきってしまうため、笑うとドナルドダックのように引きつった笑顔となります。

口唇に対する違和感が出たり、また飲み物を飲んだ時に、口元から水分がもれたりなどということが起こり得ます。 また、口唇の縦ジワのシワを取ろうとしてボトックスを口輪筋に強く効かせてしまうと、ストローが使えなかったり、飲み物が飲めなくなったりしてしまいます。

ボトックス注射の場合は針を刺す痛みの他に、薬物が身体の中に入る時の痛み（注入痛）が大きいのが特徴です。これは表面麻酔で痛みを取ったとしても、薬物体内に入っていく時の痛みは避けられません。ボトックス注射で数日間の頭痛が出現する事があります。自然に治まっていく事が多いです。